| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,987,104 | T→A | 10.9% | intergenic (+28/‑432) | yqeG → / → yqeH | putative transporter YqeG/putative LuxR family transcriptional regulator YqeH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,987,104 | 0 | T | A | 10.9% | 597.9 / 50.3 | 210 | intergenic (+28/‑432) | yqeG/yqeH | putative transporter YqeG/putative LuxR family transcriptional regulator YqeH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (118/69); new base A (18/5); total (136/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
TTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTATCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTAAATAAGACTATTTAAGATGCATAACTTA > NC_000913/2986956‑2987253 | tGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTTGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTg < 2:453090/150‑1 (MQ=255) cTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGTAGCAATTTTGAAc < 1:388591/150‑1 (MQ=255) tGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAAccattcc < 2:1466616/150‑1 (MQ=255) 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aaaTTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTATCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTAAATAAGACTATTTAAGATGCa > 2:642479/1‑150 (MQ=255) aaaTTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTATCAGTTAGTTAAACACACAAAAAGATCTGAACATCTTAAATAAGACTATTTAAGATGCa < 2:701889/150‑1 (MQ=255) ttGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTATCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTAAATAGTCTTATTTAAGATgttcag < 1:1343907/150‑6 (MQ=255) tGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTATCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTAAATAGTCTTATTTAAGATgttcaga < 1:174067/150‑7 (MQ=255) gCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTATCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTAAATAAGACTATTTAAGATGCATAACt < 1:1192021/150‑1 (MQ=255) 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TTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTATCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTAAATAAGACTATTTAAGATGCATAACTTA > NC_000913/2986956‑2987253 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |