| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,066,310 | A→T | 6.8% | H288Q (CAT→CAA) | ygfI ← | putative LysR‑type DNA‑binding transcriptional regulator YgfI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,066,310 | 0 | A | T | 6.8% | 324.7 / 10.0 | 103 | H288Q (CAT→CAA) | ygfI | putative LysR‑type DNA‑binding transcriptional regulator YgfI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/52); new base T (3/4); total (47/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.16e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
TATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATATGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATCAAAATATTTCAGCGTTGCCGGATTCACCAGTCGCCAGGCAAAATGCGGGATCACCGTCAGAAAATG > NC_000913/3066161‑3066459 | tATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAata > 2:421579/1‑150 (MQ=255) tCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATATg > 1:1029285/1‑150 (MQ=255) gggATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTCATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATATGCt < 1:1616818/150‑1 (MQ=255) 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atGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATCAAAATATTTCAGCGTTGCCGGATTCACCAGTCGCCAGGCAAAATGCGGGATCACCGTCAGAAAATg < 1:1287200/150‑1 (MQ=255) | TATCGGGATTATCTGCATCGCTATCTGGAAAATGCGCCTGGCGGACATATTCACCACGATCTTAGCCACGTCTTCGACTTACACCGTAATTTAATTGCAACCGGCTCGATGCTGGGTTAATGACTCGTCCCGTCACGAT‑CTTCAGCAATATGCTGAAGCATCGTGGCGGTATAACGATGATTTCTGATTGAATAAAGATATTCCTGCATATACATCGGCCTGTGCGGTGCATCAAAATATTTCAGCGTTGCCGGATTCACCAGTCGCCAGGCAAAATGCGGGATCACCGTCAGAAAATG > NC_000913/3066161‑3066459 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |