Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,068,924 | G→A | 8.6% | intergenic (‑116/+23) | argO ← / ← mscS | L‑arginine exporter/small conductance mechanosensitive channel MscS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,068,924 | 0 | G | A | 8.6% | 308.5 / 11.6 | 103 | intergenic (‑116/+23) | argO/mscS | L‑arginine exporter/small conductance mechanosensitive channel MscS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (51/43); new base A (5/4); total (56/47) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
CAAGTGCAAGACCTTGAAAGTAATAAGAAAACACGTTGGATATTCCGAATTAAGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTACACGTTTTGCA > NC_000913/3068775‑3069071 | cAAGTGCAAGACCTTGAAAGTAATAAGAAAACACGTTGGATATTCCGAATTAAGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCagagag < 2:799112/150‑1 (MQ=255) cAAGTGCAAGACCTTGAAAGTAATAAGAAAACACGTTGGATATTCCGAATTAAGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCagagag < 1:181841/150‑1 (MQ=255) gCAAGACCTTGAAAGTAATAAGAAAACACGTTGGATATTCCGAATTAAGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGtatta < 2:1180501/150‑1 (MQ=255) gCAAGACCTTGAAAGTAATAAGAAAACACGTTGGATATTCCGAATTAAGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGtatta > 1:1167452/1‑150 (MQ=255) cAAGACCTTGAAAGTAATAAGAAAACACGTTGGATATTCCGAATTAAGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGtattat > 1:1320345/1‑150 (MQ=255) aaGACCTTGAAAGTAATAAGAAAACACGTTGGATATTCCGAATTAAGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATc > 2:467836/1‑150 (MQ=255) aGACCTTGAAAGTAATAAGAAAACACGTTGGATATTCCGAATTAAGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCt > 2:298334/1‑150 (MQ=255) aCCTTGAAAGTAATAAGAAAACACGTTGGATATTCCGAATTAAGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGATAGAGGCCAGAGAGTATTATCTgg < 1:374450/150‑1 (MQ=255) 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gagagGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTa > 2:340200/1‑150 (MQ=255) gagagGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTa > 1:177267/1‑150 (MQ=255) gagGCCAGATAATACTCTCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTaca > 2:161801/1‑150 (MQ=255) gagGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGttt > 2:1388592/1‑124 (MQ=255) gagGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGttt < 1:1388592/124‑1 (MQ=255) gagGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTaca < 2:467899/150‑1 (MQ=255) ggCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTACACg > 1:199468/1‑150 (MQ=255) ggCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTACACg > 2:347581/1‑150 (MQ=255) ccAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTACACGtt > 2:1117816/1‑150 (MQ=255) ccAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTACACGtt > 2:1624372/1‑150 (MQ=255) gagTATTATCTGGCCTGAGGGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTACAGGTTTTGCa < 2:1239917/150‑1 (MQ=255) gagTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTACACGTTTTGCa < 1:523594/150‑1 (MQ=255) | CAAGTGCAAGACCTTGAAAGTAATAAGAAAACACGTTGGATATTCCGAATTAAGTATCTGATGCAGAGACTATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACGCTCCAGCACATCCCAGTACACGTTTTGCA > NC_000913/3068775‑3069071 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |