| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,295,239 | G→C | 6.9% | D614H (GAT→CAT) ‡ | lpoA → | outer membrane lipoprotein ‑ activator of MrcA activity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,295,239 | 0 | G | C | 6.9% | 334.8 / 12.3 | 101 | D614H (GAT→CAT) ‡ | lpoA | outer membrane lipoprotein ‑ activator of MrcA activity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/45); new base C (5/2); total (54/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
CAACGCTGTACGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGGCAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCGGAAGCCTGACGGCTAACCCGGATTGCGTGATTAACAGGAAC > NC_000913/3295090‑3295388 | cggaaatccgggccagcggtcccttgcgcacggcgggagctggcCCGGAGTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTCCCGGTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAAGAACg > 1:1075787‑M2/45‑150 (MQ=255)cAACGCTGTACGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACg < 2:778407/150‑1 (MQ=255)cAACGCTGTACGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACg < 1:852426/150‑1 (MQ=255) aCGCTGTACGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGat < 1:1503736/150‑1 (MQ=255) ccgggccagcggtcccttgcgcactgcgggagctggcCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTc > 1:734110‑M2/38‑150 (MQ=255) cgggccagcggtcccttgcgcactgcgggagctggcCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCa > 2:1345429‑M2/37‑150 (MQ=255) cGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACt > 2:418725/1‑150 (MQ=255) GCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTg < 2:658461‑M1/150‑1 (MQ=255) cAGCTCCCGCAGTTCGCAATGGACAGCTGGCCCGGATTTCCGACTTGAGATGGAATTCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATTCTGTCAGGCTGTAATCTACCGTTAATTCAGCAGGCAGTCAGCTAGGTGAATAATCGTTATTCAccgcg < 2:329177/150‑5 (MQ=255) CAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGc > 2:1478819‑M1/1‑150 (MQ=255) CTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCg > 1:1503247‑M1/1‑150 (MQ=255) tCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGc < 1:1114057/150‑1 (MQ=255) ccGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCAt > 1:493660/1‑150 (MQ=255) gCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGt > 1:1204273/1‑150 (MQ=255) gCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGt > 2:1196629/1‑150 (MQ=255) cgcAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGa < 2:269098/150‑1 (MQ=255) aGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATggg > 2:588520/1‑150 (MQ=255) aGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATggg < 1:297416/150‑1 (MQ=255) 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ggcCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGcc > 1:233572‑M2/4‑150 (MQ=255) ggcCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGcc < 2:940440‑M2/147‑1 (MQ=255) gcCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCt < 1:1193011‑M2/148‑1 (MQ=255) cCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTg < 2:18177‑M2/149‑1 (MQ=255) cgtaTTTCCTACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCTAAATCCCGATGCTGGCTGGCTGTATTCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGTGCGTCGATGCCTTGt < 2:1141476/147‑1 (MQ=255) 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ccagTGAATAATCGTTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGGCAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCGGAAGCCTGACg > 2:117317/4‑132 (MQ=255) ggTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGGCAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCGGAAGCCTGACGGCTAACCCGGATTGCGTGAt < 2:346891/150‑1 (MQ=255) ggTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGGCAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCGGAAGCCTGACGGCTAACCCGGATTGCGTGAt < 1:1274235/150‑1 (MQ=255) ggTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGGCAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCGGAAGCCTGACGGCTAACCCGGATTGCGTGAt < 1:1103156/150‑1 (MQ=255) ggTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGGCAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCGGAAGCCTGACGGCTAACCCGGATTGCGTGAt < 2:221735/150‑1 (MQ=255) 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CAACGCTGTACGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGGCAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCGGAAGCCTGACGGCTAACCCGGATTGCGTGATTAACAGGAAC > NC_000913/3295090‑3295388 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |