| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,295,240 | A→G | 6.8% | D614G (GAT→GGT) ‡ | lpoA → | outer membrane lipoprotein ‑ activator of MrcA activity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,295,240 | 0 | A | G | 6.8% | 308.4 / 9.1 | 102 | D614G (GAT→GGT) ‡ | lpoA | outer membrane lipoprotein ‑ activator of MrcA activity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/46); new base G (5/2); total (54/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
ACGCTGTACGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGGCAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCGGAAGCCTGACGGCTAACCCGGATTGCGTGATTAACAGGAACT > NC_000913/3295092‑3295389 | aCGCTGTACGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGat < 1:1503736/150‑1 (MQ=255) ccgggccagcggtcccttgcgcactgcgggagctggcCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTc > 1:734110‑M2/38‑150 (MQ=255) cgggccagcggtcccttgcgcactgcgggagctggcCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCa > 2:1345429‑M2/37‑150 (MQ=255) cGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACt > 2:418725/1‑150 (MQ=255) GCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTg < 2:658461‑M1/150‑1 (MQ=255) cAGCTCCCGCAGTTCGCAATGGACAGCTGGCCCGGATTTCCGACTTGAGATGGAATTCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATTCTGTCAGGCTGTAATCTACCGTTAATTCAGCAGGCAGTCAGCTAGGTGAATAATCGTTATTCAccgcg < 2:329177/150‑5 (MQ=255) CAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGc > 2:1478819‑M1/1‑150 (MQ=255) CTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCg > 1:1503247‑M1/1‑150 (MQ=255) tCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGc < 1:1114057/150‑1 (MQ=255) ccGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCAt > 1:493660/1‑150 (MQ=255) gCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGt > 1:1204273/1‑150 (MQ=255) gCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGt > 2:1196629/1‑150 (MQ=255) gTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATg < 2:1478851/150‑1 (MQ=255) cgcAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGa > 2:452651/1‑150 (MQ=255) cgcAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGa < 2:269098/150‑1 (MQ=255) aGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATggg < 1:297416/150‑1 (MQ=255) aGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATggg > 1:1415953/1‑150 (MQ=255) aGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATggg > 2:588520/1‑150 (MQ=255) gggACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGc > 2:467754/1‑150 (MQ=255) ggACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCg > 1:6110/1‑150 (MQ=255) ggACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCg < 1:452651/150‑1 (MQ=255) ggACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCg > 2:456905/1‑150 (MQ=255) ggACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCg < 2:6110/150‑1 (MQ=255) gACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGt > 1:206782/1‑150 (MQ=255) ccGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCa < 2:32106/132‑1 (MQ=255) ccGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCa > 1:32106/1‑132 (MQ=255) gctggcCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGAt > 1:708276‑M2/7‑150 (MQ=255) ctggcCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATg < 2:1075265‑M2/145‑1 (MQ=255) ggcCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGcc < 1:1582097‑M2/147‑1 (MQ=255) ggcCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGcc > 1:233572‑M2/4‑150 (MQ=255) ggcCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGcc < 2:940440‑M2/147‑1 (MQ=255) gcCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCt < 1:1193011‑M2/148‑1 (MQ=255) cCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTg < 2:18177‑M2/149‑1 (MQ=255) 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ccagTGAATAATCGTTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGGCAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCGGAAGCCTGACg > 2:117317/4‑132 (MQ=255) ggTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGGCAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCGGAAGCCTGACGGCTAACCCGGATTGCGTGAt < 2:346891/150‑1 (MQ=255) ggTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGGCAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCGGAAGCCTGACGGCTAACCCGGATTGCGTGAt < 1:1103156/150‑1 (MQ=255) ggTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGGCAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCGGAAGCCTGACGGCTAACCCGGATTGCGTGAt < 1:1274235/150‑1 (MQ=255) gTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGGCAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCGGAAGCCTGACGGCTAACCCGGATTGCGTGAtt > 2:763337/1‑150 (MQ=255) 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ACGCTGTACGCCAGCTCCCGCAGTGCGCAAGGGACCGCTGGCCCGGATTTCCGACTGGAGATGGAAGGCTTGCAGTACAGCGAAATCCCGATGCTGGCAGGCGGTAATCTACCGTTAATGCAGCAGGCACTCAGCGCGGTGAATAACGATTATTCACTGGCTCGCATGTATGCGATGGGCGTCGATGCCTGGTCGCTGGCAAATCATTTCTCACAAATGCGCCAGGTTCAGGGTTTTGAAATCAACGGTAATACCGGAAGCCTGACGGCTAACCCGGATTGCGTGATTAACAGGAACT > NC_000913/3295092‑3295389 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |