| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,376,262 | C→A | 5.4% | intergenic (+26/+17) | dcuD → / ← sspB | putative transporter DcuD/ClpXP protease specificity‑enhancing factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,376,262 | 0 | C | A | 5.4% | 304.3 / 3.1 | 89 | intergenic (+26/+17) | dcuD/sspB | putative transporter DcuD/ClpXP protease specificity‑enhancing factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/49); new base A (2/3); total (37/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGTGGTCGTTACGTCAGGAATTGCAGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGCCGGTCGACCACCGCGTGGTGGCTGCGGAGGTTCATCGTCAGGATGAGTGTCATCATCGTGATCTGGCTTGTCGCCATCAATAACCGACATAACGGTTTCGTTGTCTGCC > NC_000913/3376116‑3376408 | ggtggtCGTTACGTCAGGAATTGCAGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTg < 2:1513807/150‑1 (MQ=255)ggtggtCGTTACGTCAGGAATTGCAGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTg < 2:830115/150‑1 (MQ=255) gttgtCGTTACGTCAGGAATTGCAGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGATATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTgg < 2:1479874/147‑1 (MQ=255) gtggtCGTTACGTCAGGAATTGCAGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTgg < 1:1212512/150‑1 (MQ=255) gggtCGTTACGTCAGGAATTGCAGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTggg < 2:1601036/149‑1 (MQ=255) gtCGTTACGTCAGGAATTGCAGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGcc < 2:113027/150‑1 (MQ=255) gTTACGTCAGGAATTGCAGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGt < 1:1019988/150‑1 (MQ=255) ttACGTCAGGAATTGCAGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGtt < 1:1215980/150‑1 (MQ=255) cGTCAGGAATTGCAGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTg < 1:713405/150‑1 (MQ=255) gTCAGGAATTGCAGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGt < 1:887041/150‑1 (MQ=255) gTCAGGAATTGCAGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCCAGGCGGCCTGTTTTGt < 2:35456/150‑1 (MQ=255) tCAGGAATTGCAGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTa > 2:763154/1‑150 (MQ=255) tCAGGAATTGCAGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTa > 2:1194672/1‑150 (MQ=255) cAGGAATTGCAGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTAt < 1:1281405/150‑1 (MQ=255) cAGGAATTGCAGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCCAGGCGGCCTGTTTTGtct < 1:1171805/150‑3 (MQ=255) aGGAATTGCAGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTAtt < 1:267078/150‑1 (MQ=255) ggAATTGCAGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTa > 1:346613/1‑150 (MQ=255) aaTTGCAGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCCAGGCGGCCTGTTTTGTCttttt < 1:761102/150‑4 (MQ=255) ttGCAGGCGTTTCGCCTTTTTCGGTGGTGACGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGGGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTc < 2:557065/150‑1 (MQ=255) tccAGTCGTATCGCCTTTTGCGGGTGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGCCGGTTTCTTGGTGAAAATTTTTCCCACAATCTCGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTCGGCCTGTTTTGTATTACTTca < 2:1353735/148‑1 (MQ=255) tGCAGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGc < 1:940049/132‑1 (MQ=255) tGCAGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGc > 2:940049/1‑132 (MQ=255) gCAGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTcac > 2:380835/1‑150 (MQ=255) cAGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTcaca > 2:686609/1‑150 (MQ=255) aGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACaa > 1:1625462/1‑150 (MQ=255) aGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACaa > 2:1189930/1‑150 (MQ=255) ttCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTa > 1:1529871/1‑150 (MQ=255) ttCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTa < 2:1625462/150‑1 (MQ=255) cTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGcc > 2:250350/1‑150 (MQ=255) cTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGcc < 1:405005/150‑1 (MQ=255) cTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGcc < 1:294919/150‑1 (MQ=255) ttGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGCCGGt < 1:1430980/150‑1 (MQ=255) tGCGGTGGCGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGCCGGTc < 2:1447234/150‑1 (MQ=255) gCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGCCGGTCg < 2:521780/150‑1 (MQ=255) 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cccATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGCCGGTCGACCACCGCGTGGTGGCTGCGGAgg > 1:889273/1‑150 (MQ=255) ccATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGCCGGTCGACCACCGCGTGGTGGCTGCGGAGGt > 1:1103333/1‑150 (MQ=255) cATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGCCGGTCGACCACCGCGTGGTGGCTGCGGAGGtt < 1:1269710/150‑1 (MQ=255) cATGGAAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGCCGGTCGACCACCGCGTGGTGGCTGCGGATGtt < 2:170739/150‑1 (MQ=255) tGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGCCGGTCGACCACCGCGTGGTGGCTGCGGAGGTTCa < 1:1194672/150‑1 (MQ=255) 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aTTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCGTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGCCGGTCGACCACCGCGTGGTGGCTGCGGAGGTTCATCGTCAGGATGAGTGTCATCATCGTGATCTGGCTTGTCGCCAt > 2:50289/1‑150 (MQ=255) aaGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGCCGGTCGACCACCGCGTGGTGGCTGCGGAGGTTCATCGTCAGGATGAGTGTCATCATCGTGATCTGGCTTGTCGCCATCAATAAcc > 2:1249244/1‑150 (MQ=255) gTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGCCGGTCGACCACCGCGTGGTGGCTGCGGAGGTTCATCGTCAGGATGAGTGTCATCATCGTGATCTGGCTTGTCGCCATCAATAACCGa < 1:380835/150‑1 (MQ=255) gTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGCCGGTCGACCACCGCGTGGTGGCTGCGGAGGTTCATCGTCAGGATGAGTGTCATCATCGTGATCTGGCTTGTCGCCATCAATAACCGa > 2:1517805/1‑150 (MQ=255) tCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTTCTTCACAACGCGTAATGCCGGTCGACCACCGCGTGGTGGCTGCGGAGGTTCATCGTCAGGATGAGTGTCATCATCGTGATCTGGCTTGTCGCCATCAATAACCGAc < 2:1529871/150‑1 (MQ=255) aaGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGCCGGTCGACCACCGCGTGGTGGCTGCGGAGGTTCATCGTCAGGATGAGTGTCATCATCGTGATCTGGCTTGTCGCCATCAATAACCGAc > 1:504742/1‑142 (MQ=255) aaGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGCCGGTCGACCACCGCGTGGTGGCTGCGGAGGTTCATCGTCAGGATGAGTGTCATCATCGTGATCTGGCTTGTCGCCATCAATAACCGAc < 2:504742/142‑1 (MQ=255) aGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGCCGGTCGACCACCGCGTGGTGGCTGCGGAGGTTCATCGTCAGGATGAGTGTCATCATCGTGATCTGGCTTGTCGCCATCAATAACCGACATAACGGtt > 2:1113882/1‑150 (MQ=255) aCAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGCCGGTCGACCACCGCGTGGTGGCTGCGGAGGTTCATCGTCAGGATGAGTGTCATCATCGTGATCTGGCTTGTCGCCATCAATAACCGACATAACGGTTTc < 1:977792/150‑1 (MQ=255) aCAAAACAGGCCCAGGCGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGCCGGTCGACCACCGCGTGGTGGCTGCGGAGGTTCATCGTCAGGATGAGTGTCATCATCGTGATCTGGCTTGTCGCCATCAATAACCGACATAACGGTTTc > 1:496576/1‑150 (MQ=255) cAAAACAGGCCCAGGCGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGCCGGTCGACCACCGCGTGGTGGCTGCGGAGGTTCATCGTCAGGATGAGTGTCATCATCGTGATCTGGCTTGTCGCCATCAATAACCGACATAACGGTTTCg > 1:1281037/1‑150 (MQ=255) aaaCAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGCCGGTCGACCACCGCGTGGTGGCTGCGGAGGTTCATCGTCAGGATGAGTGTCATCATCGTGATCTGGCTTGTCGCCATCAATAACCGACATAACGGTTTCGtt > 2:1154380/1‑150 (MQ=255) aCAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGTCGGTCGACCACCGCGTGGTGGCTGCGGAGGTTCATCGTCAGGATGAGTGTCATCATCGTGATCTGGCTTGTCGCCATCAATAACCGACATAACGGTTTCGTTGt < 2:383796/150‑1 (MQ=255) aGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGCCGGTCGACCACCGCGTGGTGGCTGCGGAGGTTCATCGTCAGGATGAGTGTCATCATCGTGATCTGGCTTGTCGCCATCAATAACCGACATAACGGTTTCGTTGTCt > 1:364598/1‑150 (MQ=255) ccgccTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGCCGGTCGACCACCGCGTGGTGGCTGCGGAGGTTCATCGTCAGGATGAGTGTCATCATCGTGATCTGGCTTGTCGCCATCAATAACCGACATAACGGTTTCGTTGTCTGcc > 2:529316/1‑150 (MQ=255) | GGTGGTCGTTACGTCAGGAATTGCAGGCGTTTCGCCTTTTGCGGTGGTGAAGCGGACAGCGATCCCCATGGCAGTCGGTTTCGTGGTGAATATGATTGCCACAATCACGCTATTTTATTAAGTCATTAAAAAGACAAAACAGGCCGCCTGGGCCTGTTTTGTATTACTTCACAACGCGTAATGCCGGTCGACCACCGCGTGGTGGCTGCGGAGGTTCATCGTCAGGATGAGTGTCATCATCGTGATCTGGCTTGTCGCCATCAATAACCGACATAACGGTTTCGTTGTCTGCC > NC_000913/3376116‑3376408 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |