Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,442,573 | T→A | 6.1% | intergenic (‑102/+45) | rpsM ← / ← rpmJ | 30S ribosomal subunit protein S13/50S ribosomal subunit protein L36 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,442,573 | 0 | T | A | 6.1% | 307.3 / 5.9 | 97 | intergenic (‑102/+45) | rpsM/rpmJ | 30S ribosomal subunit protein S13/50S ribosomal subunit protein L36 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/38); new base A (2/4); total (55/42) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGCATGCTTATGATCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCTTGACGGAA > NC_000913/3442427‑3442720 | gacATGCTTATGATAAGGAATGTTAATACCTGATATAAGATCCACTATGCACTCCTAAAATTTAATATATACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTa > 2:1499212/3‑150 (MQ=255) gCATGCTTATGATCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAg > 1:91335/1‑150 (MQ=255) aTGCTTATGATCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGcc < 2:987399/150‑1 (MQ=255) aTGCTTATGATCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGcc < 2:845158/150‑1 (MQ=255) aTGCTTATGATCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACACACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGcc < 1:259755/150‑1 (MQ=255) cTTATGATCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAGATTAGCCAGc < 1:1441854/150‑1 (MQ=255) ttATGATCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAGATTAGCCAGcc < 2:187761/150‑2 (MQ=255) tGATCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAGATTAGCCAGccaat < 1:978018/150‑5 (MQ=255) tGATCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCaa > 1:406517/1‑150 (MQ=255) gATCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAAc > 1:302448/1‑150 (MQ=255) aTCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAGATTAGCCAGccaatct < 1:1197408/150‑7 (MQ=255) tCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAAccc > 2:1453246/1‑150 (MQ=255) cAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCa < 2:251643/150‑1 (MQ=255) cAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTAAACCCa > 1:732121/1‑150 (MQ=255) tGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTg < 2:1092947/150‑1 (MQ=255) gTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGc > 2:689805/1‑150 (MQ=255) ttAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTTCGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCa > 1:235007/1‑150 (MQ=255) ccTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGaaaa > 1:637948/1‑150 (MQ=255) 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taCGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCg < 2:534220/150‑1 (MQ=255) cGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGaa > 1:841172/1‑150 (MQ=255) cGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGaa > 1:1563082/1‑150 (MQ=255) ggCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAACAGCCCGGTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGCCATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGaaaa > 1:627972/1‑150 (MQ=255) ccACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGaaaaaa < 1:1011422/150‑1 (MQ=255) cACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAATAGATTGGCTTGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAAt < 2:964349/150‑1 (MQ=255) aCTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATc < 1:623513/150‑1 (MQ=255) tGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGcc > 1:1304496/1‑150 (MQ=255) cACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCtt > 2:1229052/1‑150 (MQ=255) aCTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAG‑AAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTgg < 1:1031936/150‑1 (MQ=255) ccTACTATTTAATATGTTCGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGgcg < 2:235007/150‑1 (MQ=255) ctaTTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGt > 1:408718/1‑150 (MQ=255) aTTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGttt > 2:807599/1‑150 (MQ=255) ttAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTAt > 1:835108/1‑150 (MQ=255) aaTATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCAAAGACATACAAAAGATTGGATGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCAAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGc > 2:89991/1‑150 (MQ=255) atGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTtc < 1:1015450/150‑1 (MQ=255) tGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTtcg > 1:1133759/1‑150 (MQ=255) gTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTtcgg > 2:337971/1‑150 (MQ=255) gTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTtcgg > 1:875658/1‑150 (MQ=255) ccATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCa < 1:1162149/150‑1 (MQ=255) cATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCAc > 2:1093381/1‑150 (MQ=255) cATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCAc > 2:246009/1‑150 (MQ=255) gCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGc > 2:605166/1‑150 (MQ=255) gCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGc > 2:1545890/1‑150 (MQ=255) cTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCa > 1:178201/1‑150 (MQ=255) 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ccGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACg > 2:3130/1‑150 (MQ=255) tttCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATg > 1:890975/1‑150 (MQ=255) tCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGac < 2:406517/150‑1 (MQ=255) cAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGaca < 2:835108/150‑1 (MQ=255) cAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGaca < 2:1517625/150‑1 (MQ=255) 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aaaaaGATTGTCTTTCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGc < 2:302448/149‑1 (MQ=255) aaaaGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCa < 1:276309/150‑1 (MQ=255) aaaaGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCa < 1:1608585/150‑1 (MQ=255) aaGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATa < 1:689805/150‑1 (MQ=255) aaGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATa < 2:328898/150‑1 (MQ=255) aaGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATa < 2:159137/150‑1 (MQ=255) gagctggctAGATTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTc > 2:1499478/3‑150 (MQ=255) gctggctAGATTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGAAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCtt > 1:1356946/1‑150 (MQ=255) gctggctAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCtt > 1:1178765/1‑150 (MQ=255) ctggctAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCTTg < 2:1491633/150‑1 (MQ=255) tggctAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCTTGa < 1:1327326/150‑1 (MQ=255) tAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCTTGACGGa < 2:408718/150‑1 (MQ=255) aaTCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCTTGACGGaa > 1:367837/1‑150 (MQ=255) | GGCATGCTTATGATCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCTTGACGGAA > NC_000913/3442427‑3442720 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |