| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,470,108 | A→C | 5.6% | intergenic (‑255/+37) | chiA ← / ← tufA | endochitinase/translation elongation factor Tu 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,470,108 | 0 | A | C | 5.6% | 397.6 / 12.5 | 125 | intergenic (‑255/+37) | chiA/tufA | endochitinase/translation elongation factor Tu 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/70); new base C (4/3); total (52/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.30e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
GAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAGCGCCCTTTTCAATTCAAAACTAATTA‑ACGTGTAATTAGCCCAGAACTTTAGCAACAACGCCCGCGCCAACGGTACGGCCGCCTTCACGGATTGCGAAACGCAGACCGTCGTCCATCGCGATCGGGTGGATCAGGGTAACAACCATT > NC_000913/3469961‑3470256 | gAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAg > 2:646464/1‑150 (MQ=255)gAAAAAAGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAg > 2:151742/1‑150 (MQ=255) aaaaaGCCTGACAAATGAAGCATTTTAAAAACAGAAACATTCATATTTAAAATGTTAAATTGAATTGATATTTTAAATATGAATAATTTATTCGTTCTGACAGTACGAATAAGATATGCCGTCAACAAATGCAAAAAGGGCGCCGAAgcg < 1:46150/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |