| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,577,660 | C→T | 6.0% | intergenic (‑68/+71) | gntK ← / ← gntR | D‑gluconate kinase, thermostable/DNA‑binding transcriptional repressor GntR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,577,660 | 0 | C | T | 6.0% | 310.1 / 6.3 | 99 | intergenic (‑68/+71) | gntK/gntR | D‑gluconate kinase, thermostable/DNA‑binding transcriptional repressor GntR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (48/45); new base T (2/4); total (50/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CTTCACTGGCGACCGCAGATTTGCCGCTGCCCGATACGCCCATCAAGACGTAAATGTGGTGATCATGGTTAGTCGTGCTCAAAGTGGTGCCCCCACAATACAAGAATTAAAAATGTTACGGGTAACTGTTATCGGTAACATTGTCCAGCCGGACAATATCAGAAGCAATATCCATCCATGCCTTAAGTGTATAAGTGTGAGCTACTTCAAATTTGTGGGCTTAAATAGATCCGCCCGGTGACAAGGTGAAACCTAAATCTAACATTTTCGGTGTCACAGATTCGCCACGAATACGCGC > NC_000913/3577511‑3577808 | cTTCACTGGCGACCGCAGATTTGCCGCTGCCCGATACGCCCATCAAGACGTAAATGTGTTGATCATGGTTAGTCGTGCTCAAAGTGGTGCCCCCACAATACAAGAATTAAAAATGTTACGGGTAACTGTTATCGGTAACATTGTCCAGcc < 1:505080/150‑1 (MQ=255) tCACTGGCGACCGCAGATTTGCCGCTGCCCGATACGCCCATCAAGACGTAAATGTGGTGATCATGGTTAGTCGTGCTCAAAGTGGTGCCCCCACAATACAAGAATTAAAAATGTTACGGGTAACTGTTATCGGTAACATTGTCCAGCCgg < 2:806909/150‑1 (MQ=255) tCACTGGCGACCGCAGATTTGCCGCTGCCCGATACGCCCATCAAGACGTAAATGTGGTGATCATGGTTAGTCGTGCTCAAAGTGGTGCCCCCACAATACAAGAATTAAAAATGTTACGGGTAACTGTTATCGGTAACATTGTCCAGCCgg > 1:1151045/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |