| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,594,070 | G→A | 6.5% | T46M (ACG→ATG) ‡ | livG ← | branched chain amino acid/phenylalanine ABC transporter ATP binding subunit LivG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,594,070 | 0 | G | A | 6.5% | 339.2 / 8.3 | 107 | T46M (ACG→ATG) ‡ | livG | branched chain amino acid/phenylalanine ABC transporter ATP binding subunit LivG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/56); new base A (2/5); total (46/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.24e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TTTCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGCCCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTAAAATGGTGCCGCCGGTGGGTTTGTAGAATCCGGTCAGACAGTTAAAAACCGTGGTTTTTCCGGCACCGTTAGGGCCGATTAACGAGACGATCTCCTGCGGGTACAGTTCAAGATTGACGTTGTTCACCGCCAGCAGGCCGCCGAAGCGCATCATCAGGCCGTTAACAGATAATAATGGCTGACTCATGCCTGCTCTCCTT > NC_000913/3593924‑3594219 | tttCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGCCCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTAAAATGGTGCCGCCGGTGGGTTTGTAGAATCCGGTCAGACAGTTAAAAACCGTgg < 2:909142/150‑1 (MQ=255)tttCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGCCCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTAAAATGGTGCCGCCGGTGGGTTTGTAGAATCCGGTCAGACAGTTAAAAACCGTgg < 2:174418/150‑1 (MQ=255) ttCACGGAACAGACGCACATGCTGGGAGGTGCGCACCACGCCCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTAAAATGGTGCCGCCGGTGGGTTTGTAGAATCCGGTCAGACAGTTAAAAACCGTGGt > 1:1157404/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |