Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,594,071 | T→C | 6.5% | T46A (ACG→GCG) ‡ | livG ← | branched chain amino acid/phenylalanine ABC transporter ATP binding subunit LivG |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,594,071 | 0 | T | C | 6.5% | 320.5 / 9.5 | 108 | T46A (ACG→GCG) ‡ | livG | branched chain amino acid/phenylalanine ABC transporter ATP binding subunit LivG |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/56); new base C (2/5); total (47/61) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.27e-01 |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TTTCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGCCCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTAAAATGGTGCCGCCGGTGGGTTTGTAGAATCCGGTCAGACAGTTAAAAACCGTGGTTTTTCCGGCACCGTTAGGGCCGATTAACGAGACGATCTCCTGCGGGTACAGTTCAAGATTGACGTTGTTCACCGCCAGCAGGCCGCCGAAGCGCATCATCAGGCCGTTAACAGATAATAATGGCTGACTCATGCCTGCTCTCCTT > NC_000913/3593924‑3594219 | tttCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGCCCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTAAAATGGTGCCGCCGGTGGGTTTGTAGAATCCGGTCAGACAGTTAAAAACCGTgg < 2:909142/150‑1 (MQ=255) tttCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGCCCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTAAAATGGTGCCGCCGGTGGGTTTGTAGAATCCGGTCAGACAGTTAAAAACCGTgg < 2:174418/150‑1 (MQ=255) ttCACGGAACAGACGCACATGCTGGGAGGTGCGCACCACGCCCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTAAAATGGTGCCGCCGGTGGGTTTGTAGAATCCGGTCAGACAGTTAAAAACCGTGGt > 1:1157404/1‑150 (MQ=255) tCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGCCCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTAAAATGGTGCCGCCGGTGGGTTTGTAGAATCCGGTCAGACAGTTAAAAACCGTGGtt < 2:1187727/150‑1 (MQ=255) aCGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGCCCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTAAAATGGTGCCGCCGGTGGGTTTGTAGAATCCGGTCAGACAGTTAAAAACCGTGGtttt > 2:440972/1‑150 (MQ=255) cGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGCCCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTAAAATGGTGCCGCCGGTGGGTTTGTAGAATCCGGTCAGACAGTTAAAAACCGTGGttttt > 1:809844/1‑150 (MQ=255) gAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGCCCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTAAAATGGTGCCGCCGGTGGGTTTGTAGAATCCGGTCAGACAGTTAAAAACCGTGGTTTTTcc < 2:542147/150‑1 (MQ=255) aaCAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGCCCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTAAAATGGTGCCGCCGGTGGGTTTGTAGAATCCGGTCAGACAGTTAAAAACCGTGGTTTTTCCg < 1:1434743/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |