Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,667,762 | 0 | A | G | 5.1% | 430.6 / 9.0 | 138 | intergenic (‑182/+29) | gadA/ccp | glutamate decarboxylase A/cytochrome c peroxidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/69); new base G (2/5); total (64/74) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.56e-01 |
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
AAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGTTCAGACTGTGCAGGAAAGCTACGATATCATCCACATCCTCCTGCGGCAGCTCTTTGCCTACCTGATAGCGCAGCATCAGT > NC_000913/3667613‑3667908 | aaaaaGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATATTATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCa > 2:112361/1‑150 (MQ=255) aaGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAAc < 2:637187/150‑1 (MQ=255) tAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACAtt > 2:263113/1‑150 (MQ=255) 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atCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGTTCAGACTGTGCAGGAAAGCTACGATATCATCCACATCCTCCTGCGGCAGCTCTTTGCCTACCTg < 1:452980/150‑1 (MQ=255) tCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGTTCAGACTGTGCAGGAAAGCTACGATATCATCCACATCCTCCTGCGGCAGCTCTTTGCCTACCTGa > 1:101327/1‑150 (MQ=255) gTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGTTCAGACTGTGCAGGAAAGCTACGATATCATCCACATCCTCCTGCGGCAGCTCTTTGCCTACCTGATa < 2:1059271/150‑1 (MQ=255) taataaAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACAGCGTGTACACCCCGTTCAGACTGTGCAGGAAAGCTACGATATCATCCACATCCTCCTGCGGCAGCTCTTTGCCTACCTCATAg < 1:786990/150‑1 (MQ=255) taaAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGTTCAGACTGTGCAGGAAAGCTACGATATCATCCACATCCTCCTGCGGCAGCTCTTTGCCTACCTGATAgcgc > 1:778606/1‑150 (MQ=255) taaAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGTTCAGACTGTGCAGGAAAGCTACGATATCATCCACATCCTCCTGCGGCAGCTCTTTGCCTACCTGATAgcgc > 2:356846/1‑150 (MQ=255) aaaaTCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATCTACGGCGTGTACACCCCGTTCAGACTGTGCAGGAAAGCTACGATATCATCCACATCCTCCTGCGGCAGCTCTTTGCCTACCTGATAGCgcag < 2:530523/150‑1 (MQ=255) aTCGCCCGAACAGCAATGTTTGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGTTCAGACTGTGCAGGAAAGCTACGATATCATCCACATCCTCCTGCGGCAGCTCTTTGCCTACCTGATAGCGCAGCAt > 2:13495/1‑150 (MQ=255) aTCGCCCGAACAGCAATGTTTGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGTTCAGACTGTGCAGGAAAGCTACGATATCATCCACATCCTCCTGCGGCAGCTCTTTGCCTACCTGATAGCGCAGCAt > 1:355372/1‑150 (MQ=255) cccAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGGGTACACCCCGTTCAGACTGTGCAGGAAAGCTACGATATCATCCACATCCTCCTGCGGCAGCTCTTTGCCTACCTGATAGCGCAGCATCAGt > 2:1088162/1‑150 (MQ=255) | AAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGTTCAGACTGTGCAGGAAAGCTACGATATCATCCACATCCTCCTGCGGCAGCTCTTTGCCTACCTGATAGCGCAGCATCAGT > NC_000913/3667613‑3667908 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |