Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,796,008 | G→C | 5.9% | S10S (TCG→TCC) ‡ | waaC → | ADP‑heptose:LPS heptosyltransferase 1 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,796,008 | 0 | G | C | 5.9% | 344.1 / 9.4 | 101 | S10S (TCG→TCC) ‡ | waaC | ADP‑heptose:LPS heptosyltransferase 1 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/48); new base C (2/4); total (49/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.83e-01 |
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
TATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATGGGCGATGTTCTCCATACGTTGCCCGCACTCACTGATGCCCAGCAGGCAATCCCAGGGATTAAGTTTGACTGGGTGGTGGAAGAAGGGTTCGCACAGATTCCTTCCTGGCACGCTGCCGTTGAGCGAGTTATTCCTGTGGCAAT > NC_000913/3795859‑3796154 | tATCACAAAGTGTGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACAtcgtcg > 1:1390994/1‑150 (MQ=255) tATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACAtcgtcg < 1:543970/150‑1 (MQ=255) cacaAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTTATCACCAGAGCTTAATCGACATTACTCCCCAGCGCGTACTGGAAGAACTCAACGCGCTATTGTTACAAGAGGAAGCCTGACGGATGCGGGTTTTGATCGTTAAAACATCGTCGATg > 2:472312/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |