| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,815,108 | T→A | 8.1% | intergenic (+18/+19) | slmA → / ← pyrE | nucleoid occlusion factor SlmA/orotate phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,815,108 | 0 | T | A | 8.1% | 406.9 / 18.2 | 134 | intergenic (+18/+19) | slmA/pyrE | nucleoid occlusion factor SlmA/orotate phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (55/68); new base A (4/7); total (59/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
ACCCTGCTGGCAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTGCAGTTGTAATCACGCT > NC_000913/3814959‑3815257 | aCCCTGCTGGCAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACtt > 2:521038/1‑150 (MQ=255) ccTGCTGGCAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACtttt > 1:1054953/1‑150 (MQ=255) ccTGCTGGCAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACtttt > 1:1373210/1‑150 (MQ=255) 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acaGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGtgatga < 1:32027/150‑1 (MQ=255) aGTTGCCTTAATATGCCGCCGGATGCCGTTTCATCCGGCGAGTTTTTTTAAACGCCTATCTCTTCGCGATAGGCCTTTTCCGCCGCCAGATGTTCCGCCTTTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCCGGTCTTTCAGGGTGATGATa < 2:1097472/150‑1 (MQ=255) aGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATa < 1:559648/150‑1 (MQ=255) gCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAgaga > 2:152/1‑150 (MQ=255) cAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGAt > 1:1179479/1‑150 (MQ=255) aGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATc < 1:657962/150‑1 (MQ=255) gTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCa < 1:467592/150‑1 (MQ=255) atatGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACtt > 2:283327/1‑150 (MQ=255) tatGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACttt < 1:1589257/150‑1 (MQ=255) atGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTg > 2:732498/1‑150 (MQ=255) 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ggATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTGCAGTTGTa < 1:928200/150‑1 (MQ=255) tttCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTGCAGTTGTAATCACGCt < 2:1593596/150‑1 (MQ=255) | ACCCTGCTGGCAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTGCAGTTGTAATCACGCT > NC_000913/3814959‑3815257 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |