Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,815,109 | 0 | T | G | 7.9% | 406.5 / 19.7 | 134 | intergenic (+19/+18) | slmA/pyrE | nucleoid occlusion factor SlmA/orotate phosphoribosyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (55/68); new base G (4/7); total (59/75) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
CCTGCTGGCAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTGCAGTTGTAATCACGCT > NC_000913/3814961‑3815257 | ccTGCTGGCAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACtttt > 1:1054953/1‑150 (MQ=255) ccTGCTGGCAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACtttt > 1:1373210/1‑150 (MQ=255) ctgctgGCAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTc > 2:928200/1‑150 (MQ=255) 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gCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAgaga > 2:152/1‑150 (MQ=255) cAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGAt > 1:1179479/1‑150 (MQ=255) aGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATc < 1:657962/150‑1 (MQ=255) tatGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACttt < 1:1589257/150‑1 (MQ=255) atGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTg > 2:732498/1‑150 (MQ=255) 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cGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTGCAGt > 2:1128212/1‑150 (MQ=255) tttCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTGCAGTTGTAATCACGCt < 2:1593596/150‑1 (MQ=255) | CCTGCTGGCAAGCCAGATCCTGGCCTTCTGTGAAGGTATGCTGTCACGTTTTGTCCGCAGCGAATTTAAATACCGCCCGACGGATGATTTTGACGCCCGCTGGCCGCTAATTGCGGCACAGTTGCAGTAATATGACGCCGGATGACTTTTCATCCGGCGAGTTTCTTTAAACGCCAAACTCTTCGCGATAGGCCTTAACCGCCGCCAGATGTTCCGCCATTTCCGGCTTCTCTTCCAGGTAAGCAATCAGGTCTTTCAGGGTGATGATAGAGATCACTTTGCAGTTGTAATCACGCT > NC_000913/3814961‑3815257 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |