| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,850,765 | T→G | 6.3% | intergenic (‑39/+37) | uhpA ← / ← ilvN | DNA‑binding transcriptional activator UhpA/acetohydroxy acid synthase I subunit IlvN |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,850,765 | 0 | T | G | 6.3% | 282.3 / 10.2 | 96 | intergenic (‑39/+37) | uhpA/ilvN | DNA‑binding transcriptional activator UhpA/acetohydroxy acid synthase I subunit IlvN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/48); new base G (4/2); total (46/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.38e-01 | |||||||||||
GAACCAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCT > NC_000913/3850623‑3850914 | gAACCAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTCTCCTGGCGGGTAAAAAAAAAACGCGCTTACCTTAACGaa > 1:930056/1‑149 (MQ=255) aaCCAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATa > 1:1195947/1‑150 (MQ=255) aaCCAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATa < 1:1270740/150‑1 (MQ=255) cAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAgc < 1:1520695/150‑1 (MQ=255) aaaCTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAgcg < 1:411764/150‑1 (MQ=255) aaCTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAgcgc < 1:1289146/150‑1 (MQ=255) aCTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTATCGTTAAGGTAAGcgcg < 2:869988/150‑1 (MQ=255) cGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTATCGTTAAGGTAAGcgcgtat < 1:808607/150‑4 (MQ=255) gCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAGCGCGAtgtt > 1:1142762/1‑150 (MQ=255) aCTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCATAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTGCTGTCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAGCGCGATgttgtt < 2:1504438/150‑1 (MQ=255) cTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTc < 1:452637/150‑1 (MQ=255) tACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGGCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCa < 1:1187488/150‑1 (MQ=255) aCCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCaa < 1:204123/150‑1 (MQ=255) cTGAAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAACGCCGGAGCGGACGATGAGGAGATCGTCTATAAGGGAAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGTAAATAAAAATAAGCCCTTACCTAAACGATCAGAGGGATGTTGTTAAAGc > 2:698443/1‑150 (MQ=255) gCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAAAACGAGATTACCTTAACGATAAGCGCGCTGTTGTTCAAGCCt > 2:1575689/1‑150 (MQ=255) aaaTCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTg > 2:539468/1‑150 (MQ=255) tCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGc > 1:590015/1‑150 (MQ=255) tCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGc < 1:129968/150‑1 (MQ=255) 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aaaTACGCGGTTACCTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCGTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTatca < 1:1390941/150‑1 (MQ=255) aaaTACGCGCTTACCTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTatca < 1:972301/150‑1 (MQ=255) acatcgcgCTTATCGTTAAGGTAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTatcat > 1:775441/5‑150 (MQ=255) catcgcgCTTATCGTTAAGGTAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTatcatc > 1:332511/4‑150 (MQ=255) tACGCGCTTACCTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCt < 2:1108278/150‑1 (MQ=255) atcgcgCTTATCGTTAAGGTAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCt > 2:844360/3‑150 (MQ=255) cgcgCTTACCTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGc < 2:590015/150‑1 (MQ=255) cgcgCTTACCTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGc < 1:155715/150‑1 (MQ=255) cTTACCTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGGCGGATCGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCAGCTGCTCCa < 2:1063946/150‑1 (MQ=255) ttACCTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAg < 2:1427865/150‑1 (MQ=255) 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GAACCAAACTCGGCAACTACCTGCAAATCAGGTTCCAGCCCCAGCAGCTGCGCAAAGCCGGAGCGGACGATGAGGTGATCGTCTATAAGGGCAACGGTGATCATGGTCTTGTCCTGGCGGGTAAAAAAAATACGCGCTTACCTTAACGATAAGCGCGATGTTGTTCAAGCCTTGAGCGGTTACTGAAAAAACACCGCGATCTTGTTAAACATCGTCGGATCGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCT > NC_000913/3850623‑3850914 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |