| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,906,275 | A→T | 7.1% | L98Q (CTA→CAA) | bglG ← | transcriptional antiterminator BglG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,906,275 | 0 | A | T | 7.1% | 259.4 / 5.6 | 82 | L98Q (CTA→CAA) | bglG | transcriptional antiterminator BglG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/36); new base T (2/4); total (42/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCACGCCCAACCGTTTATCAATAATGGTTAACGCTTCTTCCCCTAGCTGGAACTCTTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGTAATTTTCCCAAGCGCTCCTGCGCTAAAGAGATAATACGATCACAGGTTGCCATCACCTCAAGAGGAATATGACTTAAGAGTTCGCTTAATCGCCCGTTCAGTTCATGACTGCTCAAGGCA > NC_000913/3906126‑3906418 | gCACGCCCAACCGTTTATCAATAATGGTTAACGCTTCTTCCCCTAGCTGGAACTCTTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTa > 1:531220/1‑150 (MQ=255) cGCCCAACCGTTTATCAATAATGGTTAACGCTTCTTCCCCTAGCTGGAACTCTTTCGGGTAAAGCCGCTGTATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAATCGTTTAATCGCTAACTGACCATTGCCAGTTTGCg < 1:1577894/150‑1 (MQ=255) gCCCAACCGTTTATCAATAATGGTTAACGCTTCTTCCCCTAGCTGGAACTCTTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCga < 2:862115/150‑1 (MQ=255) cccAACCGTTTATCAATAATGGTTAACGCTTCTTCCCCTAGCTGGAACTCTTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCgag > 2:1332312/1‑150 (MQ=255) ccAACCGTTTAACAATAATGGTTAACGCTTCTTCCCATAGCTTCAACTCATTCGCGTAAAGCCGCTCGATATCCCACACCAACGGCTTGGGCAGCAACACCTTTAGCTGAAAGCGTTTAATCCCAAAATGGCAATGGTCAGTTAGCgaga > 2:536091/1‑150 (MQ=255) aCCGTTTATCAATAATGGTTAACGCTTCTTCCCCTAGCTGGAACTCTTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCTAACTGACCATTGCCAGTTTGCgattaaa < 1:346984/150‑6 (MQ=255) aCCGTTTATCAATAATGGTTAACGCTTCTTCCCCTAGCTGGAACTCTTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGatat > 1:744721/1‑150 (MQ=255) ccGTTTATCAATAATGGTTAACGCTTCTTCCCCTAGCTGGAACTCTTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGAtata > 1:1358854/1‑150 (MQ=255) cGTTTATCAATAATGGTTAACGCTTCTTCCCCTAGCTGGAACTCTTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCTAACTGACCATTGCCAGTTTGCgattaaacg < 1:139915/150‑8 (MQ=255) cGTTTATCAATAATGGTTAACGCTTCTTCCCCTAGCTGGAACTCTTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATaa > 1:324061/1‑150 (MQ=255) gTTTATCAATAATGGTTAACGCTTCTTCCCCTAGCTGGAACTCTTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATaaa > 2:852281/1‑150 (MQ=255) aTCAATAATGGTTAACGCTTCTTCCCCTAGCTGGAACTCTTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGCTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATAAATACt > 1:1382349/1‑150 (MQ=255) aataatGGTTAACGCTTCTTCCCCTAGCTGGAACTCTTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTc > 2:1339815/1‑150 (MQ=255) atGGTTAACGCTTCTTCCCCTAGCTGGAACTCTTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGt < 2:1231924/150‑1 (MQ=255) ggTTAACGCTTCTTCCCCTAGCTGGAACTCTTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGTaa > 1:1294563/1‑150 (MQ=255) tAACGCTTCTTCCCCTAGCTGGAACTCTTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGTAAttt > 2:871303/1‑150 (MQ=255) aCGCTTCTTCCCCTAGCTGGAACTCTTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGTAATTTTc < 2:425415/150‑1 (MQ=255) gCTTCTTCCCCTAGCTGGAACTCTTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGTAATTTTccc < 2:92928/150‑1 (MQ=255) 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ccccTAGCTGGAACTCTTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGTAATTTTCCCAAGCGCt > 2:1289694/1‑150 (MQ=255) ccTAGCTGGAACTCTTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGTAATTTTCCCAAGCGCTcc > 2:111610/1‑150 (MQ=255) ccTAGCTGGAACTCTTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGTAATTTTCCCAAGCGCTcc > 2:365189/1‑150 (MQ=255) tAGCTGGAACTCTTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGTAATTTTCCCAAGCGCTCCTg < 1:764149/150‑1 (MQ=255) aCTCTTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGTAATTTTCCCAAGCGCTCCTGCGCTAAag < 1:794663/150‑1 (MQ=255) tctTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGTAATTTTCCCAAGCGCTCCTGCGCTAAagag < 1:1575273/150‑1 (MQ=255) tctTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGTAATTTTCCCAAGCGCTCCTGCGCTAAagag < 2:1294563/150‑1 (MQ=255) ctTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGTAATTTTCCCAAGCGCTCCTGCGCTAAAgaga < 1:852281/150‑1 (MQ=255) ctTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGTAATTTTCCCAAGCGCTCCTGCGCTAAAgaga > 1:1099866/1‑150 (MQ=255) ctTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGTAATTTTCCCAAGCGCTCCTGCGCTAAAgaga > 2:1569452/1‑150 (MQ=255) 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cacaGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGTAATTTTCCCAAGCGCTCCTGCGCTAAAGAGATAATACGATCACAGGTTGCCATCAcc > 1:1281691/1‑150 (MQ=255) aGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGTAATTTTCCCAAGCGCTCCTGCGCTAAAGAGATAATACGATCACAGGTTGCCATCACCTCa < 1:365189/150‑1 (MQ=255) gCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGTAATTTTCCCAAGCGCTCCTGCGCTAAAGAGATAATACGATCACAGGTTGCCATCACCTCaa > 2:1032103/1‑150 (MQ=255) cAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGTAATTTTCCCAAGCGCTCCTGCGCTAAAGAGATAATACGATCACAGGTTGCCATCACCTCAag > 2:942339/1‑150 (MQ=255) ggTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGTAATTTTCCCAAGCGCTCCTGCGCTAAAGAGATAATACGATCACAGGTTGCCATCACCTCAAGAGGaa > 1:169478/1‑150 (MQ=255) 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cAATGGTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGTAATTTTCCCAAGCGCTCCTGCGCTAAAGAGATAATACGATCACAGGTTGCCATCACCTCAAGAGGAATATGACTTAAGAGTTCGCTTAATCGCCCGTTCAGTTCATGACTGCTc > 1:305482/1‑150 (MQ=255) tgccAGTTTGCGAGATATAAATACTGTCCTGTAATTTTCCCAAGCGCTCCTGCGCTAAAGAGATAATACGATCACAGGTTGCCATCACCTCAAGAGGAATATGACTTAAGAGTTCGCTTAATCGCCCGTTCAGTTCATGACTGCTCAAgg < 2:2964/147‑1 (MQ=255) ggTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGTAATTTTCCCAAGCGCTCCTGCGCTAAAGAGATAATACGATCACAGGTTGCCATCACCTCAAGAGGAATATGACTTAAGAGTTCGCTTAATCGCCCGTTCAGTTCATGACTGCTCAAgg > 1:1190916/1‑150 (MQ=255) gTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGTAATTTTCCCAAGCGCTCCTGCGCTAAAGAGATAATACGATCACAGGTTGCCATCACCTCAAGAGGAATATGACTTAAGAGTTCGCTTAATCGCCCGTTCAGTTCATGACTGCTCAAGGc < 1:1207578/150‑1 (MQ=255) tCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGTAATTTTCCCAAGCGCTCCTGCGCTAAAGAGATAATACGATCACAGGTTGCCATCACCTCAAGAGGAATATGACTTAAGAGTTCGCTTAATCGCCCGTTCAGTTCATGACTGCTCAAGGCa < 2:1076742/150‑1 (MQ=255) | GCACGCCCAACCGTTTATCAATAATGGTTAACGCTTCTTCCCCTAGCTGGAACTCTTTCGGGTAAAGCCGCTGGATATCCCACAGCAACGGGTTGGGCAGCAACACGTTTTGCTGAAAGCGTTTAATCGCAAACTGGCAATGGTCAGTTAGCGAGATATAAATACTGTCCTGTAATTTTCCCAAGCGCTCCTGCGCTAAAGAGATAATACGATCACAGGTTGCCATCACCTCAAGAGGAATATGACTTAAGAGTTCGCTTAATCGCCCGTTCAGTTCATGACTGCTCAAGGCA > NC_000913/3906126‑3906418 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |