Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,913,989 | A→T | 5.2% | G404G (GGT→GGA) | glmU ← | fused N‑acetylglucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase and glucosamine‑1‑phosphate acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,913,989 | 0 | A | T | 5.2% | 229.8 / 2.8 | 77 | G404G (GGT→GGA) | glmU | fused N‑acetylglucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase and glucosamine‑1‑phosphate acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/38); new base T (2/2); total (37/40) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.71e-01 |
TTACCGGACGACGCCAGCCTTCTTTCTGAGTCTGCGGCACACGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCTTAAATTTATTCGCACCATCGTAGTTGCAGGTAATGGTTCCCGCGCCGATGTTAACGTTATCGCCAATTTCCGCATCGCCCAGGTAAGTCAGATGACCAGCTTTCGAGCCTTTACCC > NC_000913/3913841‑3914136 | ttACCGGACGACGCCAGCCTTCTTTCTGAGTCTGCGGCACACGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAAc < 2:539781/150‑1 (MQ=255) tACCGGACGACGCCAGCCTTCTTTCTGAGTCTGCGGCACACGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGATcc > 1:1078396/1‑150 (MQ=255) tACCGGACGACGCCAGCCTTCTTTCTGAGTCTGCGGCACACGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGATcc > 1:1083950/1‑150 (MQ=255) tACCGGACGACGCCAGCCTTCTTTCTGAGTCTGCGGCACACGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAAcc < 2:961072/150‑1 (MQ=255) tACCGGACGACGCCAGCCTTCTTTCTGAGTCTGCGGCACACGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAAcc < 1:654718/150‑1 (MQ=255) cGGACGACGCCAGCCTTCTTTCTGAGTCTGCGGCACACGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACcaac < 1:593606/150‑1 (MQ=255) acgCCAGCCTTCTTTCTGAGTCTGCGGCACACGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAacac > 2:1554641/1‑150 (MQ=255) acgCCAGCCTTCTTTCTGAGTCTGCGGCACACGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAacac > 2:1548998/1‑150 (MQ=255) cgCCAGCCTTCTTTCTGAGTCTGCGGCACACGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAAcaca > 2:5689/1‑150 (MQ=255) ccAGCCTTCTTTCTGAGTCTGCGGCACACGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACAtc > 1:328775/1‑150 (MQ=255) aGCCTTCTTTCTGAGTCTGCGGCACACGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACAtcgt > 2:1155989/1‑150 (MQ=255) ccTTCTTTCTGAGTCTGCGGCACACGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACAtcgtcg > 1:1236197/1‑150 (MQ=255) ccTTCTTTCTGAGTCTGCGGCACACGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACAtcgtcg < 1:1296575/150‑1 (MQ=255) cttcttTCTGAGTCTGCGGCACACGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGc < 1:1197664/150‑1 (MQ=255) ttctttctGAGTCTGCGGCACACGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGcc < 1:1171000/150‑1 (MQ=255) ctttctGAGTCTGCGGCACACGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGa < 2:1412071/150‑1 (MQ=255) gTCTGCGGCACACGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTc < 1:243467/150‑1 (MQ=255) cTGCGGCACACGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCtt > 2:1406974/1‑150 (MQ=255) tGCGGCACACGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCTTa > 2:131236/1‑150 (MQ=255) tGCGGCACACGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCTTa > 1:537408/1‑150 (MQ=255) gCGGCACACGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGGCTTaa > 2:497337/1‑150 (MQ=255) cacaCGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCTTAAAttt > 1:983136/1‑150 (MQ=255) cacaCGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCTTAAAttt > 1:128718/1‑150 (MQ=255) cacGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCTTAAATTTAt > 2:139980/1‑150 (MQ=255) cacGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCTTAAATTTAt > 1:1001003/1‑150 (MQ=255) gCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCTGGGCCAGCAGCTGAGTGTGGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCTTAAATTTATTCgg < 2:673989/150‑2 (MQ=255) gCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCTTAAATTTATTCGc > 1:394387/1‑150 (MQ=255) aaTGCATTTTCGCCGGCATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCTTAAATTTATTCGCACCATCGTAg > 1:1120026/1‑150 (MQ=255) aaTGCATTTTCGCCGACATTACTCGTCACAGTTGTAGCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCTTAAATTTATTCGCACCATCGTAg < 2:1107336/150‑1 (MQ=255) aaTGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCTTAAATTTATTCTCACCATCGTAg < 2:101727/150‑1 (MQ=255) aaTGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCTTAAATTTATTCGCACCATCGTAg > 1:277535/1‑150 (MQ=255) aaTGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCTTAAATTTATTCGCACCATCGTAg < 1:29160/150‑1 (MQ=255) gCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCTTAAATTTATTCGCACCATCGTAGTTg > 2:16514/1‑150 (MQ=255) cATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCTTAAATTTATTCGCACCATCGTAGTTGc < 2:729627/150‑1 (MQ=255) aTTTTCGCGGACATTACGCGTCTGAGTTGTACCCGGTGCAATGGGCGGGGCTATGCCTAGTGTTACGGGGGCCTCCTGGTGTGTGTCGGAACCAACAAAGACATCCTCGCCGATAATGGTCTTAAATTTATTCGCACCATCGTAGTTGCa < 1:1509858/150‑1 (MQ=255) aTTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCTTAAATTTATTCGCACCATCGTAGTTGCa < 1:295965/150‑1 (MQ=255) aTTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCTTAAATTTATTCGCACCATCGTAGTTGCa > 2:183595/1‑150 (MQ=255) tttCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCTTAAATTTATTCGCACCATCGTAGTTGCAgg > 2:897709/1‑150 (MQ=255) 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acaGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCTTAAATTTATTCGCACCATCGTAGTTGCAGGTAATGGTTCCCGCGCCGATg < 1:1246706/150‑1 (MQ=255) caGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCTTAAATTTATTCGCACCATCGTAGTTGCAGGTAATGGTTCCCGCGCCGATGt < 2:537408/150‑1 (MQ=255) gTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCTTAAATTTATTCGCACCATCGTAGTTGCAGGTAATGGTTCCCGCGCCGATGTTa < 1:1155989/150‑1 (MQ=255) tGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCTTAAATTTATTCGCACCATCGTAGTTGCAGGTAATGGTTCCCGCGCCGATGTTAAc > 1:1393871/1‑150 (MQ=255) gTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCTTAAATTTATTCGCACCATCGTAGTTGCAGGTAATGGTTCCCGCGCCGATGTTAACg > 1:139834/1‑150 (MQ=255) 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TTACCGGACGACGCCAGCCTTCTTTCTGAGTCTGCGGCACACGGCTGATAGCTAATGCATTTTCGCCGACATTACGCGTCACAGTTGTACCCGCAGCAATGGTCGCGCCTTTGCCTACTGTTACCGGGGCCACCAGCTGAGTGTCGGAACCAACAAACACATCGTCGCCGATAATGGTCTTAAATTTATTCGCACCATCGTAGTTGCAGGTAATGGTTCCCGCGCCGATGTTAACGTTATCGCCAATTTCCGCATCGCCCAGGTAAGTCAGATGACCAGCTTTCGAGCCTTTACCC > NC_000913/3913841‑3914136 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |