| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,915,377 | A→G | 6.4% | intergenic (‑177/+176) | glmU ← / ← atpC | fused N‑acetylglucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase and glucosamine‑1‑phosphate acetyltransferase/ATP synthase F1 complex subunit epsilon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,915,377 | 0 | A | G | 6.4% | 281.9 / 7.3 | 95 | intergenic (‑177/+176) | glmU/atpC | fused N‑acetylglucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase and glucosamine‑1‑phosphate acetyltransferase/ATP synthase F1 complex subunit epsilon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/47); new base G (4/2); total (45/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.83e-01 | |||||||||||
ATTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTACATTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGAC > NC_000913/3915229‑3915526 | aTTTAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTACATTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTAc < 2:73856/150‑1 (MQ=255) tttAAACCGCTTCACCTTGAAAAAACTACATTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTAcc < 1:961656/150‑1 (MQ=255) ccGCTTCACCTTGAAAAAACTACATTTTTTTCATCGTGAAATGGACAGAGGATAAATTGTTCAATAACGGATTATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTTCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAAtt < 2:1243157/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |