| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 464,356 | A→T | 8.6% | intergenic (+48/‑46) | ybaV → / → fadM | helix‑hairpin‑helix 3 family protein/thioesterase III |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 464,356 | 0 | A | T | 8.6% | 274.1 / 13.4 | 93 | intergenic (+48/‑46) | ybaV/fadM | helix‑hairpin‑helix 3 family protein/thioesterase III |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/37); new base T (2/6); total (50/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.78e-01 | |||||||||||
CGCGAAGAGTACGGTCCGTTTAAAACTGTGGAGGATCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCGAAGAAGCCCGCTGGGATGGGTT > NC_000913/464207‑464505 | cgcgAAGAGTACGGTCCGTTTAAAACTGTGGAGGATCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCa > 2:470777/1‑150 (MQ=255) gcgAAGAGTACGGTCCGTTTAAAACTGTGGAGGATCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAg < 2:377121/150‑1 (MQ=255) gagTACGGTCCGTTTACAACTGTGGAGGATCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATg < 2:1572139/150‑1 (MQ=255) 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ccAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCga > 1:1246002/1‑150 (MQ=255) cAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCgaa > 1:295077/1‑150 (MQ=255) aGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCgaag > 1:832899/1‑150 (MQ=255) agtacagagGTCATAACTGGTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTATCgaagaa > 2:1593348/6‑150 (MQ=255) agagGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCGAAGAAGCCCg > 1:1456137/1‑150 (MQ=255) tCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCGAAGAAGCCCGCTggg > 2:1120490/1‑150 (MQ=255) cATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCGAAGAAGCCCGCTGGGa > 2:516832/1‑150 (MQ=255) cATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCGAAGAAGCCCGCTGGGa > 2:1484717/1‑150 (MQ=255) aTACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCCGCACGTCAACAACGCCCGCTCCCTTGAATTTCTCGAAGCAGCCCGCGGGGAt > 2:720231/1‑150 (MQ=255) aTACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACCACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCGAAGAAGCCCGCTGGGAt > 2:714978/1‑150 (MQ=255) tACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCGAAGAAGCCCGCTGGGATg < 2:1438776/150‑1 (MQ=255) tACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCACTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCGAAGAAGCCCGCTGGGATg < 1:341117/150‑1 (MQ=255) aCCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCGAAGAAGCCCGCTGGGATgg < 2:493188/150‑1 (MQ=255) aCCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCGAAGAAGCCCGCTGGGATgg < 1:1314262/150‑1 (MQ=255) aGTTATGACCTCTGTACTTATAACAAAAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAAAGCCCGCTACCTTGAATTTCTCGAAGAAGCCCGCTGGGATGGGtt > 2:236793/1‑150 (MQ=255) | CGCGAAGAGTACGGTCCGTTTAAAACTGTGGAGGATCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCGAAGAAGCCCGCTGGGATGGGTT > NC_000913/464207‑464505 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |