| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,973,858 | A→C | 5.3% | D84A (GAC→GCC) ‡ | rffH → | dTDP‑glucose pyrophosphorylase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,973,858 | 0 | A | C | 5.3% | 306.1 / 7.1 | 95 | D84A (GAC→GCC) ‡ | rffH | dTDP‑glucose pyrophosphorylase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/48); new base C (3/2); total (45/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.95e-01 | |||||||||||
TACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCCTGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGCGATAACATCTTCTTCGGTCAGGGCTTCAGTCCGAAGCTGCGTCATGTTGCGGCGCGCACCGAAGGGGCGACGGTTTTTG > NC_000913/3973710‑3974007 | tACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCCTGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGAc < 1:358049/150‑1 (MQ=255) aCTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCCTGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACg < 1:321418/150‑1 (MQ=255) aCTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCCTGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACg > 1:509754/1‑150 (MQ=255) cTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCCTGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACgg > 2:167099/1‑150 (MQ=255) cTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCCTGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACgg < 1:854531/150‑1 (MQ=255) aTCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCCTGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTc > 1:43537/1‑150 (MQ=255) cGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCCTGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTgg > 2:921326/1‑150 (MQ=255) cTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCCTGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGACCGTCCGGGCTgggc < 1:590627/150‑3 (MQ=255) cTGGCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCCTGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGACCGTCCGGGCTgggc < 1:1625139/150‑3 (MQ=255) tCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCCTGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAg < 1:889350/150‑1 (MQ=255) cGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCCTGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAgg > 2:903252/1‑150 (MQ=255) ggTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCCTGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGc > 1:118139/1‑150 (MQ=255) ggTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCCTGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGc < 1:1096801/150‑1 (MQ=255) tGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCCTGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCACGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTa > 1:974354/1‑150 (MQ=255) tGATGCTAGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCCTGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTa < 1:684584/150‑1 (MQ=255) gATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCCTGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTat > 2:1368629/1‑150 (MQ=255) gATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCCTGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTat > 2:493032/1‑150 (MQ=255) tGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCCTGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTatca > 2:884328/1‑150 (MQ=255) 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tcatcatcaCTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCCTGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTg < 1:37425/150‑1 (MQ=255) tcatcatcaCTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCCTGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTg > 1:974949/1‑150 (MQ=255) tcatcatcaCTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCCTGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTg < 2:221904/150‑1 (MQ=255) acatcatcaCTACGCCTGAAGATAAATGTTATTTCCAGCGCCTGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGTTTAACAGCTCAGGCGTGACGGTCTTGCTAATGAGTTTATCATTGGTTAAATATTCGTTAATGGTg < 2:777460/149‑1 (MQ=255) atcatcaCTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCCTGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGaa < 1:617926/150‑1 (MQ=255) 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tGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGCGATAACATCTTCTTCGGTCAGGGCTTCAGTCCGAAGCTGCGTCATGTTGCGGCGCGCAc > 1:1198098/1‑150 (MQ=255) gCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGCGATAACATCTTCTTCGGTCAGGGCTTCAGTCCGAAGCTGCGTCATGTTGCGGCGCGCAcc < 1:299949/150‑1 (MQ=255) gCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGCGATAACATCTTCTTCGGTCAGGGCTTCAGTCCGAAGCTGCGTCATGTTGCGGCGCGCAcc > 1:1236430/1‑150 (MQ=255) ccGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGCGATAACATCTTCTTCGGTCAGGGCTTCAGTCCGAAGCTGCGTCATGTTGCGGCGCGCACCg > 1:1159367/1‑150 (MQ=255) gcctgcgccagaccGTCCGGGCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGCGATAACATCTTCTTCGGTCAGGGCTTCAGTCCGAAGCTGCGTCATGTTGCGGCGCGCACCGaa > 1:1317031/8‑150 (MQ=255) 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gACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGCGATAACATCTTCTTCGGTCAGGGCTTCAGTCCGAAGCTGCGTCATGTTGCGGCGCGCACCGAAGGGGCGACGGttttt < 2:588850/150‑1 (MQ=255) aCGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGCGATAACATCTTCTTCGGTCAGGGCTTCAGTCCGAAGCTGCGTCATGTTGCGGCGCGCACCGAAGGGGCGACGGTTTTTg < 2:509754/150‑1 (MQ=255) | TACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCCTGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGCGATAACATCTTCTTCGGTCAGGGCTTCAGTCCGAAGCTGCGTCATGTTGCGGCGCGCACCGAAGGGGCGACGGTTTTTG > NC_000913/3973710‑3974007 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |