| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,020,777 | T→G | 5.4% | G184G (GGT→GGG) | ubiB → | ubiquinone biosynthesis protein UbiB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,020,777 | 0 | T | G | 5.4% | 252.9 / 4.8 | 88 | G184G (GGT→GGG) | ubiB | ubiquinone biosynthesis protein UbiB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/40); new base G (3/2); total (46/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.08e-01 | |||||||||||
CGCCCAGGTTCATACCGCGCGATTGAAATCGAATGGTAAAGAGGTGGTGATTAAAGTCATCCGCCCGGATATTTTGCCGGTTATTAAAGCGGATCTGAAACTTATCTACCGTCTGGCTCGCTGGGTGCCGCGTTTGCTGCCGGATGGTCGCCGTCTGCGCCCAACCGAAGTGGTGCGCGAGTACGAAAAGACATTGATTGATGAACTGAATTTGCTGCGGGAATCTGCCAACGCCATTCAGCTTCGGCGCAATTTTGAAGACAGCCCGATGCTCTACATCCCGGAAGTTTACCCTG > NC_000913/4020630‑4020925 | cGCCCAGGTTCATACCGCGCGATTGAAATCGAATGGTAAAGAGGTGGTGATTAAAGTCATCCGCCCGGATATTTTGCCGGTTATTAAAGCGGATCTGAAACTTATCTACCGTCTGGCTCGCTGGGTGCCGCGTTTGCTGCCGGATGGTCg > 1:129953/1‑150 (MQ=255) gCCCAGGTTCATACCGCGCGATTGAAATCGAATGGTAAAGAGGTGGTGATTAAAGTCATCCGCCCGGATATTTTGCCGGTTATTAAAGCGGATCTGAAACTTATCTACCGTCTGGCTCGCTGGGTGCCGCGTTTGCTGCCGGATGGTCGc > 1:518722/1‑150 (MQ=255) gCCCAGGTTCATACCGCGCGATTGAAATCGAATGGTAAAGAGGTGGTGATTAAAGTCATCCGCCCGGATATTTTGCCGGTTATTAAAGCGGATCTGAAACTTATCAACCGTCTGGCTCGCTGGGTGCCGCGTTTGCTGCCGGATGGTCGc > 2:1463489/1‑150 (MQ=255) gCCCAGGTTCATACCGCGCGATTGAAATCGAATGGTAAAGAGGTGGTGATTAAAGTCATCCGCCCGGATATTTTGCCGGTTATTAAAGCGGATCTGAAACTTATATCCCGTATGGAACCATGGGTGCCGCGTTTGATGCCGGATGTTCGc > 1:385451/1‑150 (MQ=255) ccAGGTTCATACCGCGCGATTGAAATCGAATGGTAAAGAGGTGGTGATTAAAGTCATCCGCCCGGATATTTTGCCGGTTATTAAAGCGGATCTGAAACTTATCTACCGTCTGGCTCGCTGGGTGCCGCGTTTGCTGCCGGATGGTCGCCg < 2:993226/150‑1 (MQ=255) aGGTTCATACCGCGCGATTGAAATCGAATGGTAAAGAGGTGGTGATTAAAGTCATCCGCCCGGATATTTTGCCGGTTATTAAAGCGGATCTGAAACTTATCTACCGTCTGGCTCGCTGGGTGCCGCGTTTGCTGCCGGATGGTCGCCGTc < 2:617167/150‑1 (MQ=255) ggTTCATACCGCGCGATTGAAATCGAATGGTAAAGAGGTGGTGATTAAAGTCATCCGCCCGGATATTTTGCCGGTTATTAAAGCGGATCTGAAACTTATCTACCGTCTGGCTCGCTGGGTGCCGCGTTTGCTGCCGGATGGTCGCCGTCt < 2:471826/150‑1 (MQ=255) tACCGCGCGATTGAAATCGAATGGTAAAGAGGTGGTGATTAAAGTCATCCGCCCGGATATTTTGCCGGTTATTAAAGCGGATCTGAAACTTATCTACCGTCTGGCTCGCTGGGTGCCGCGTTTGCTGCCGGATGGTCGCCGTCTGCGccc > 2:1325500/1‑150 (MQ=255) aCCGCGCGATTGAAATCGAATGGTAAAGAGGTGGTGATTAAAGTCATCCGCCCGGATATTTTGCCGGTTATTAAAGCGGATCTGAAACTTATCTACCGTCTGGCTCGCTGGGTGCCGCGTTTGCTGCCGGATGGTCGCCGTCTGCGCCCa < 2:1468041/150‑1 (MQ=255) cgcgcgATTGAAATCGAATGGTAAAGAGGTGGTGATTAAAGTCATCCGCCCGGATATTTTGCCGGTTATTAAAGCGGATCTGAAACTTATCTACCGTCTGGCTCGCTGGGTGCCGCGTTTGCTGCCGGATGGTCGCCGTCTGCGCCCAAc > 1:74437/1‑150 (MQ=255) cccgcgATTGAAATCGTACGCTTAAGAGGTGGTGATTAATGTCATCCGCGCGGTTATTTTGCCGGCTATTAAAGCGGATCTGAAACTTATCTACCGTCTGGCTCGCTGGGTGCCGCGTTTGCTGCCGGATGGTCGCCGTCTGCGCCCAAc < 2:1452360/148‑1 (MQ=255) gcgcgATTGAAATCGAATGGTAAAGAGGTGGTGATTAAAGTCATCCGCCCGGATATTTTGCCGGTTATTAAAGCGGATCTGAAACTTATCTACCGTCTGGCTCGCTGGGTGCCGCGTTTGCTGCCGGATGGTCGCCGTCTGCGCCCAAcc > 1:956769/1‑150 (MQ=255) gcccgATTCAAATCGAATGGTATAGAGTTCGTCATTTAACTCATCCGCCCCGATTTTTTTCCGGTATTTAACGCGCATCTGAAACTTATCTACCGACTGGCTCGCACGGTGCCGCGTATGCTGCCGGATGGTCGCCGACTGCGCCCAAcc > 2:2906/4‑150 (MQ=255) 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tgATTAAAGTCATCCGCCCGGATATTTTGCAGGTTATTAAAGCGGATCTGAAACTTATCTACCGTCTGGCTCGCTGGGTGCCGCGTTTGCTGCCGGATCGTCGCCGTCTGCGCCCAACCGAAGTGGTGCGCGAGTACGAAAAGACattga > 2:331779/1‑150 (MQ=255) gATTAAAGTCATCCGCCCGGATATTTTGCCGGTTATTAAAGCGGATCTGAAACTTATCTACCGTCTGGCTCGCTGGGTGCCGCGTTTGCTGCCGGATGGTCGCCGTCTGCGCCCAACCGAAGTGGTGCGCGAGTACGAAAAGACattgat > 1:1396049/1‑150 (MQ=255) aTTAAAGTCATCCGCCCGGATATTTTGCCGGTTATTAAAGCGGATCTGAAACTTATCTACCGTCTGGCTCGCTGGGTGCCGCGTTTGCTGCCGGATGGTCGCCGTCTGCGCCCAACCGAAGTGGTGCGCGAGTACGAAAAGACattgatt < 2:920369/150‑1 (MQ=255) ttAAAGTCATCCGCCCGGATATTTTGCCGGTTATTAAAGCGGATCTGAAACTTATCTACCGTCTGGCTCGCTGGGTGCCGCGTTTGCTGCCGGATGGTCGCCGTCTGCGCCCAACCGAAGTGGTGCGCGAGTACGAAAAGACattgattg > 1:1183100/1‑150 (MQ=255) tAAAGTCATCCGCCCGGATATTTTGCCGGTTATTAAAGCGGATCTGAAACTTATCTACCGTCTGGCTCGCTGGGTGCCGCGTTTGCTGCCGGATGGTCGCCGTCTGCGCCCAACCGAAGTGGTGCGCGAGTACGAAAAGACAttgattga < 1:79215/150‑1 (MQ=255) 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gTGCCGCGTTTGCTGCCGGATGGTCGCCGTCTGCGCCCAACCGAAGTGGTGCGCGAGTACGAAAAGACATTGATTGATGAACTGAATTTGCTGCGGGAATCTGCCAACGCCATTCAGCTTCGGCGCAATTTTGAAGACAGCCCGATGctc > 1:775521/1‑150 (MQ=255) cgcgTTTGCTGCCGGATGGTCGCCGTCTGCGCCCAACCGAAGTGGTGCGCGAGTACGAAAAGACATTGATTGATGAACTGAATTTGCTGCGGGAATCTGCCAACGCCATTCAGCTTCGGCGCAATTTTGAAGACAGCCCGATGCTCTACa > 1:266645/1‑150 (MQ=255) gctgcCGGATGGTCGCCGTCTGCGCCCAACCGAAGTGGTGCGCGAGTACGAAAAGACATTGATTGATGAACTGAATTTGCTGCGGGAATCTGCCAACGCCATTCAGCTTCGGCGCAATTTTGAAGACAGCCCGATGCTCTAc < 2:1132213/142‑1 (MQ=255) gctgcCGGATGGTCGCCGTCTGCGCCCAACCGAAGTGGTGCGCGAGTACGAAAAGACATTGATTGATGAACTGAATTTGCTGCGGGAATCTGCCAACGCCATTCAGCTTCGGCGCAATTTTGAAGACAGCCCGATGCTCTAc > 1:1132213/1‑142 (MQ=255) tgcCGGATGGTCGCCGTCTGCGCCCAACCGAAGTGGTGCGCGAGTACGAAAAGACATTGATTGATGAACTGAATTTGCTGCGGGAATCTGCCAACGCCATTCAGCTTCGGCGCAATTTTGAAGACAGCCCGATGCTCTACATCCCGGAAg < 1:1507915/150‑1 (MQ=255) tgcCGGATGGTCGCCGTCTGCGCCCAACCGAAGTGGTGCGCGAGTACGAAAAGACATTGATTGATGAACTGAATTTGCTGCGGGAATCTGCCAACGCCATTCAGCTTCGGCGCAATTTTGAAGACAGCCCGATGCTCTACATCCCGGAAg < 2:642575/150‑1 (MQ=255) tgcCGGATGGTCGCCGTCTGCGCCCAACCGAAGTGGTGCGCGAGTACGAAAAGACATTGATTGATGAACTGAATTTGCTGCGGGAATCTGCCAACGCCATTCAGCTTCGGCGCAATTTTGAAGACAGCCCGATGCTCTACATCCCGGAAg < 2:129953/150‑1 (MQ=255) cttcGGTTGGGCGCAGACGGCGACCATCCGAAGTGGTGCGCGAGTACGAAAAGACATTGATTGATGAACTGAATTTGCTGCGGGAATCTGCCAACGCCATTCAGCTTCGGCGCAATTTTGAAGACAGCCCGATGCTCTACATCCCGGAAg < 2:265639/147‑1 (MQ=255) cttcGGTTGGGCGCAGACGGCGACCATCCGAAGTGGTGCGCGAGTACGAAAAGACATTGATTGATGAACTGAATTTGCTGCGGGAATCTGCCAACGCCATTCAGCTTCGGCGCAATTTTGAAGACAGCCCGATGCTCTACATCCCGGAAg > 2:1420534/4‑150 (MQ=255) cttcGGTTGGGCGCAGACGGCGACCAACCGAAGTGGTGCGCGAGTACGAAAAGACATTGATTGATGAACTGAATTTGCTGCGGGAATCTGCCAACGCCATTCAGCTTCGGCGCAATTTTGAAGACAGCCCGATGCTCTACATCCCGGAAg > 1:780548/4‑150 (MQ=255) cttcGGTTGGGCGCAGACGGCGACCAACCGAAGTGGTGCGCGAGTACGAAAAGACATTGATTGATGAACTGAATTTGCTGCGGGAATCTGCCAACGCCATTCAGCTTCGGCGCAATTTTGAAGACAGCCCGATGCTCTACATCCCGGAAg > 1:774969/4‑150 (MQ=255) gTCGCCGTCTGCGCCCAACCGAAGTGGTGCGCGAGTACGAAAAGACATTGATTGATGAACTGAATTTGCTGCGGGAATCTGCCAACGCCATTCAGCTTCGGCGCAATTTTGAAGACAGCCCGATGCTCTACATCCCGGAAGTTTACCCTg > 2:1444477/1‑150 (MQ=255) gTCGCCGTCTGCGCCCAACCGAAGTGGTGCGCGAGTACGAAAAGACATTGATTGATGAACTGAATTTGCTGCGGGAATCTGCCAACGCCATTCAGCTTCGGCGCAATTTTGAAGACAGCCCGATGCTCTACATCCCGGAAGTTTACCCTg > 2:303458/1‑150 (MQ=255) gTCGCCGTCTGCGCCCAACCGAAGTGGTGCGCGAGTACGAAAAGACATTGATTGATGAACTGAATTTGCTGCGGGAATCTGCCAACGCCATTCAGCTTCGGCGCAATTTTGAAGACAGCCCGATGCTCTACATCCCGGAAGTTTACCCTg > 2:784261/1‑150 (MQ=255) | CGCCCAGGTTCATACCGCGCGATTGAAATCGAATGGTAAAGAGGTGGTGATTAAAGTCATCCGCCCGGATATTTTGCCGGTTATTAAAGCGGATCTGAAACTTATCTACCGTCTGGCTCGCTGGGTGCCGCGTTTGCTGCCGGATGGTCGCCGTCTGCGCCCAACCGAAGTGGTGCGCGAGTACGAAAAGACATTGATTGATGAACTGAATTTGCTGCGGGAATCTGCCAACGCCATTCAGCTTCGGCGCAATTTTGAAGACAGCCCGATGCTCTACATCCCGGAAGTTTACCCTG > NC_000913/4020630‑4020925 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |