| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,130,008 | T→C | 5.1% | I58I (ATT→ATC) | metL → | fused aspartate kinase/homoserine dehydrogenase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,130,008 | 0 | T | C | 5.1% | 238.4 / 2.6 | 78 | I58I (ATT→ATC) | metL | fused aspartate kinase/homoserine dehydrogenase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/32); new base C (2/2); total (44/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.19e-01 | |||||||||||
GCGAAAGGTCGTCAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGAC > NC_000913/4129859‑4130149 | gCGAAAGGTCGTCAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGAtt < 2:542937/150‑1 (MQ=255) cGAAAGGTCGTCAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTa < 1:77419/150‑1 (MQ=255) gtcgtcAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGt < 1:1470965/150‑1 (MQ=255) cgtcAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTg > 1:218446/1‑150 (MQ=255) cgtcAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTg > 2:1252203/1‑150 (MQ=255) tcAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGGGGAGTACTCTCAGCCTGACTATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGaa < 2:452485/150‑1 (MQ=255) cAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGaaa > 1:1373855/1‑150 (MQ=255) aGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAAc < 1:1213480/150‑1 (MQ=255) aGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCGGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAAc < 2:665355/150‑1 (MQ=255) gCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACt < 1:1416962/150‑1 (MQ=255) gCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACt > 2:269494/1‑150 (MQ=255) gCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTAATCAACTGGttagtggt < 1:1511210/150‑7 (MQ=255) cTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTAATCAACTGGttagtggtg < 1:222366/150‑8 (MQ=255) 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cTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATc > 1:149433/1‑150 (MQ=255) gtgAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGtt < 1:908316/150‑1 (MQ=255) gtTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGtt < 2:970897/143‑1 (MQ=255) gtTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGtt > 1:970897/1‑143 (MQ=255) ttATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAAc > 1:529759/1‑150 (MQ=255) 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atatGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTg < 1:269494/150‑1 (MQ=255) tatGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTga > 1:435977/1‑150 (MQ=255) gatgGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTgaaga > 2:481225/1‑150 (MQ=255) tggtggTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGaagaag < 2:1316828/150‑1 (MQ=255) ggtggtTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGc > 2:525782/1‑150 (MQ=255) 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GCGAAAGGTCGTCAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGAC > NC_000913/4129859‑4130149 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |