Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,162,150 | T→G | 5.7% | intergenic (+20/+20) | yijD → / ← trmA | conserved inner membrane protein YijD/tRNA m(5)U54 methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,162,150 | 0 | T | G | 5.7% | 376.8 / 11.7 | 122 | intergenic (+20/+20) | yijD/trmA | conserved inner membrane protein YijD/tRNA m(5)U54 methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/59); new base G (4/3); total (60/62) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.15e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.94e-01 |
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
CAGCACGGTAGTTCGTGCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTCCCGGCAGTACTCTCCGTCATTATGGTGTTCTGGATTGGCGCGAAGATGCGTAACCGTAAGCAGGAAGTTGCTGAGTAATCGGTATTATGCCGGATGCTGGCGCATCCGGCATGGGTTTTACTTCGCGGTCAGTAATACGCCGCACTCCATATGGTGCGTGTAGGGGAACTGATCAAACAGAGCCAGACGTTCGACCTTGTGCGTCTGGCTTAATGTTTCCAGATTCTTGCATAACGTTTCCG > NC_000913/4162004‑4162294 | cAGCACGGTAGTTCGTGCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTCCCGGCAGTACTCTCCGTCATTATGGTGTTCTGGATTGGCGCGAAGATGCGTAACCGTAAGCAGGAAGTTGCTGAGTAATCGGTATTATGCCGGATGCTGgc > 2:664740/1‑150 (MQ=255) cAGCACGGTAGTTCGTGCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTCCCGGCAGTACTCTCCGTCATTATGGTGTTCTGGATTGGCGCGAAGATGCGTAACCGTAAGCAGGAAGTTGCTGAGTAATCGGTATTATGCCGGATGCTGgc > 1:490718/1‑150 (MQ=255) aGCACTGTAGTTCGTGCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTCCCGGCAGTACTCTCCGTCATTATGGTGTTCTGGATTGGCGCGAAGATGCGTAACCGTAAGCAGGAAGTTGCTGAGTAATCGGTATTATGCCGGATGCTggtg < 2:1045521/150‑3 (MQ=255) 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aTCGGTATTATGCCGGATGCTGGCGCATCCGGCATGGGTTTTACTTCGCGGTCAGTAATACGCCGCACTCCATATGGTGCGTGTAGGGGAACTGATCAAACAGAGCCAGACGTTCGACCTTGTGCGTCTGGCTTAATGTTTCCAGATTCt > 1:1590518/1‑150 (MQ=255) aTCGGTATTATGCCGGATGCTGGCGCATCCGGCATGGGTTTTACTTCGCGGTCAGTAATACGCCGCACTCCATATGGTGCGTGTAGGGGAACTGATCAAACAGAGCCAGACGTTCGACCTTGTGCGTCTGGCTTAATGTTTCCAGATTCt < 1:1159654/150‑1 (MQ=255) tCGGTATTATGCCGGATGCTGGCGCATCCGGCATGGGTTTTACTTCGCGGTCAGTAATACGCCGCACTCCATATGGTGCGTGTAGGGGAACTGATCAAACAGAGCCAGACGTTCGACCTTGTGCGTCTGGCTTAATGTTTCCAGATTCtt > 2:671739/1‑150 (MQ=255) cGGTATTATGCCGGATGCTGGCGCATCCGGCATGGGTTTTACTTCGCGGTCAGTAATACGCCGCACTCCATATGGTGCGTGTAGGGGAACTGATCAAACAGAGCCAGACGTTCGACCTTGTGCGTCTGGCTTAATGTTTCCAGATTCTTg < 2:639574/150‑1 (MQ=255) ggTATTATGCCGGATGCTGGCGCATCCGGCATGGGTTTTACTTCGCGGTCAGTAATACGCCGCACTCCATATGGTGCGTGTAGGGGAACTGATCAAACAGAGCCAGACGTTCGACCTTGTGCGTCTGGCTTAATGTTTCCAGATTCTTGc > 1:1089845/1‑150 (MQ=255) attatGCCGGATGCTGGCGCATCCGGCATGGGTTTTACTTCGCGGTCAGTAATACGCCGCACTCCATATGGTGCGTGTAGGGGAACTGATCAAACAGAGCCAGACGTTCGACCTTGTGCGTCTGGCTTAATGTTTCCAGATTCTTGCATa > 2:1085129/1‑150 (MQ=255) tatGCCGGATGCTGGCGCATCCGGCATGGGTTTTACTTCGCGGTCAGTAATACGCCGCACTCCATATGGTGCGTGTAGGGGAACTGATCAAACAGAGCCAGACGTTCGACCTTGTGCGTCTGGCTTAATGTTTCCAGATTCTTGCATAAc < 1:14376/150‑1 (MQ=255) tatGCCGGATGCTGGCGCATCCGGCATCGGTTTTACTTCGCGGTCAGTAATACGCCGCACTCCATATGGTGCGTGTAGGGGAACTGATCAAACAGAGCCAGACGTTCGACCTTGTGCGTCTGGCTTAATGTTTCCAGATTCTTGCATAAc < 1:1596722/150‑1 (MQ=255) catGCCGGATGCGCCAGCATCCGGCATGGGTTTTACTTCGCGGTCAGTAATACGCCGCACTCCATATGGTGCGTGTAGGGGAACTGATCAAACAGAGCCAGACGTTCGACCTTGTGCGTCTGGCTTAATGTTTCCAGATTCTTGCATAAc > 2:485909/2‑150 (MQ=255) atGCCGGATGCTGGCGCATCCGGCATGGGTTTTACTTCGCGGTCAGTAATACGCCGCACTCCATATGGTGCGTGTAGGGGAACTGATCAAACAGAGCCAGACGTTCGACCTTGTGCGTCTGGCTTAATGTTTCCAGATTCTTGCATAACg > 2:1353900/1‑150 (MQ=255) 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CAGCACGGTAGTTCGTGCGGAATATCCGGATATCGGCTCTAACTTCTTCCCGGCAGTACTCTCCGTCATTATGGTGTTCTGGATTGGCGCGAAGATGCGTAACCGTAAGCAGGAAGTTGCTGAGTAATCGGTATTATGCCGGATGCTGGCGCATCCGGCATGGGTTTTACTTCGCGGTCAGTAATACGCCGCACTCCATATGGTGCGTGTAGGGGAACTGATCAAACAGAGCCAGACGTTCGACCTTGTGCGTCTGGCTTAATGTTTCCAGATTCTTGCATAACGTTTCCG > NC_000913/4162004‑4162294 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |