Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,261,368 | T→C | 6.4% | intergenic (+62/‑301) | yjbM → / → dusA | uncharacterized protein YjbM/tRNA‑dihydrouridine synthase A |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,261,368 | 0 | T | C | 6.4% | 765.2 / 26.5 | 250 | intergenic (+62/‑301) | yjbM/dusA | uncharacterized protein YjbM/tRNA‑dihydrouridine synthase A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (142/92); new base C (2/14); total (144/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.75e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
GACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGATAGTATGGAAGGCATTATATAAAAGGACCCAATATTTATTGGGTTCTTTTTTCTCTATCAATACTATTAGCAGGGAGATATATCACCAGAGTTTAATGTGTGATTTTTTATTTATCGTCGAACCTGGATTGTTTATCATTGGCCTTAACAAAGTTAACGGCTAATAAGATTATTTCCATCACTTCGTGAGAGCT > NC_000913/4261220‑4261517 | gACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGATAGTATGGAAGGCATTATATAAAAGGACCCAATATTTATTGGGTTc > 2:580841/1‑150 (MQ=255) cccAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGATAGTATGGATGGCATTATATAAAAGGACCCAATATTTATTGGGTTCtt > 2:613055/1‑150 (MQ=255) ccAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGATAGTATGGAAGGCATTATATAAAAGAACCCAATAAATATTGGGTCCttt < 1:737036/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |