| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,278,671 | T→A | 10.2% | C65S (TGT→AGT) ‡ | ghxP → | guanine/hypoxanthine transporter GhxP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,278,671 | 0 | T | A | 10.2% | 279.9 / 18.4 | 98 | C65S (TGT→AGT) ‡ | ghxP | guanine/hypoxanthine transporter GhxP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/44); new base A (3/7); total (47/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.93e-01 | |||||||||||
GGTTTAAAATTTCACAACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCG > NC_000913/4278522‑4278818 | ggTTTAAAATTTCACAACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAAAGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCt > 1:1062242/1‑150 (MQ=255) tAAAATTTCACAACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCt < 1:88559/150‑1 (MQ=255) aaaaTTTCACAACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTg < 1:1009039/150‑1 (MQ=255) aaaaTTTCACAACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTg < 1:371069/150‑1 (MQ=255) aaaaTTTCACAACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTg < 2:141422/150‑1 (MQ=255) ttCACAACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGc < 1:1462830/150‑1 (MQ=255) tCACAACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCAGACAGGTTGca < 2:559137/150‑2 (MQ=255) cacaACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCCg < 1:42246/150‑1 (MQ=255) acaACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCCgg < 1:778641/150‑1 (MQ=255) acaACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCAGACAGGTTGcaac < 1:1092274/150‑4 (MQ=255) acaACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCAGACAGGTTGcaac < 1:82744/150‑4 (MQ=255) acaACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCAGACAGGTTGcaac < 1:1179720/150‑4 (MQ=255) acaACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCAGACAGGTTGcaac < 2:72464/150‑4 (MQ=255) acaACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCAGACAGGTTGcaac < 1:638746/150‑4 (MQ=255) caACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACCACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAACGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGGCTGGTTGCCggc > 2:1303914/1‑149 (MQ=255) caACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCAGACAGGTTGcaacg < 2:1175949/150‑5 (MQ=255) ggAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGt < 2:173558/150‑1 (MQ=255) aaGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTc > 1:345910/1‑150 (MQ=255) 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aaGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTgg < 1:1202560/150‑1 (MQ=255) aGCAGGCTTCCCGCCTGCTGCAGTTTGCGTTGCATCCTGTCTGGTTGGCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGTCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGGCTTGTGCTggg < 2:612659/150‑1 (MQ=255) aGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTggg < 2:1183525/150‑1 (MQ=255) gCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTgggg > 2:1592708/1‑150 (MQ=255) gCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTgggg < 2:345910/150‑1 (MQ=255) ggCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCaa < 2:703129/150‑1 (MQ=255) gCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAAc < 2:499537/150‑1 (MQ=255) cGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTa > 2:1241482/1‑150 (MQ=255) cGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTAc > 2:990011/1‑150 (MQ=255) cAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTg < 1:1132929/150‑1 (MQ=255) 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tccggCAACCAGACAGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCt > 1:744469/5‑150 (MQ=255) gTTGCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTg > 1:1076276/1‑150 (MQ=255) gTTGCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTg > 1:1038425/1‑150 (MQ=255) tGCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTggg > 2:314482/1‑150 (MQ=255) tGCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTggg < 1:1422728/150‑1 (MQ=255) 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GGTTTAAAATTTCACAACGTGGAAGCACTGTCCGTCAGGAAGTGGTTGCCGGGTTAACAACGTTTCTGGCGATGGTCTACTCGGTCATCGTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTTGCCGGACTCGGTTCTATCGTGATGGGTCTGTGGGCTAATCTGCCGTTGGCGATTGGTTGCGCCATCTCCCTGACAGCGTTTACCGCATTCAGCCTGGTGCTGGGGCAACATATTAGCGTACCTGTCGCGCTGGGTGCCG > NC_000913/4278522‑4278818 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |