Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,281,680 | T→A | 6.4% | intergenic (+51/+103) | yjcE → / ← yjcF | putative transporter YjcE/pentapeptide repeat‑containing protein YjcF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,281,680 | 0 | T | A | 6.4% | 498.0 / 16.4 | 157 | intergenic (+51/+103) | yjcE/yjcF | putative transporter YjcE/pentapeptide repeat‑containing protein YjcF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (73/74); new base A (8/2); total (81/76) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.99e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 |
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
ACCTGCGCGCCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTCATAGCG > NC_000913/4281532‑4281825 | accTGCGCGCCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCttt < 1:521439/150‑1 (MQ=255) accTGCGCGCCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCttt < 2:1219788/150‑1 (MQ=255) ccTGCGCGCCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTTAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGATGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCtttt < 1:1329222/150‑1 (MQ=255) tGCGCGCCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGc > 2:1233335/1‑150 (MQ=255) gcgcCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCAcc < 1:999384/150‑1 (MQ=255) gcCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCtt < 1:805719/150‑1 (MQ=255) ccACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCttt > 1:664238/1‑150 (MQ=255) ccACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCttt > 1:1396126/1‑150 (MQ=255) acGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACa < 2:1553471/150‑1 (MQ=255) cGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAg > 1:300200/1‑150 (MQ=255) ggAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGt < 2:1518460/150‑1 (MQ=255) gagaTCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGtt < 2:1103481/150‑1 (MQ=255) gaTCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAg > 1:1620427/1‑150 (MQ=255) gaTCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAg > 2:837913/1‑150 (MQ=255) cAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTc > 1:1539095/1‑150 (MQ=255) cAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTc > 1:1055217/1‑150 (MQ=255) cAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCggg > 1:1296685/1‑150 (MQ=255) cAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCggg > 2:682364/1‑150 (MQ=255) 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cGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACAtt > 1:565644/1‑150 (MQ=255) gCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATg < 2:1245247/150‑1 (MQ=255) aaaTTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTc < 1:187733/150‑1 (MQ=255) aaTTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAAGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCt > 1:1534231/1‑150 (MQ=255) tACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTACGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTaaa < 1:445190/150‑1 (MQ=255) tACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTaaa < 1:1210177/150‑1 (MQ=255) aCTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTaaaa > 1:1481816/1‑150 (MQ=255) cTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGACGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAAc < 1:1520968/150‑1 (MQ=255) cGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTAt > 1:1256332/1‑150 (MQ=255) cGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTAt < 1:1078124/150‑1 (MQ=255) gATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTAtc > 2:1084192/1‑150 (MQ=255) gATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTAtc < 2:1539095/150‑1 (MQ=255) aTTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTAtct > 1:904032/1‑150 (MQ=255) gCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATctctct < 1:721354/150‑1 (MQ=255) cTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCtt < 2:1369765/150‑1 (MQ=255) 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1:1268999/113‑1 (MQ=255) tGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGt > 1:341709/1‑150 (MQ=255) aaaaaaGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGATAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTAATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTa > 1:1235251/2‑150 (MQ=255) taaaGGTGCAAAAGATTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGATGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAAt > 2:1068676/2‑150 (MQ=255) aaaaGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAAt < 1:945059/150‑1 (MQ=255) aaaGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATc > 1:1323834/1‑150 (MQ=255) 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cTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCt < 1:165395/140‑1 (MQ=255) | ACCTGCGCGCCACACGGGAGATCAGCAACGAAACGCTGCAAAAATTACTGCACGATCTCGATTTGCTTGAAGCGTTGCTAATTGAGGAAAATCAGTAAGCCGAAAGCGACGTAACCAGGCCCGAGGTAATCTGAAAAAGGTGCAATCTTTTGCACCTTTAACAGGTTAGCTCGGGCTAACATTCATGATTCTAAAACAAATAAATTATCTCTCTTTTAAAGTCAATTCATTGGCTGTTCTTCGACTTAACCTCAATCTGCATCTTGCATAATATCTGCAGTAATCTTCATAGCG > NC_000913/4281532‑4281825 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |