| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,285,327 | G→T | 5.3% | intergenic (‑114/+86) | yjcH ← / ← acs | conserved inner membrane protein YjcH/acetyl‑CoA synthetase (AMP‑forming) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,285,327 | 0 | G | T | 5.3% | 378.7 / 6.6 | 114 | intergenic (‑114/+86) | yjcH/acs | conserved inner membrane protein YjcH/acetyl‑CoA synthetase (AMP‑forming) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/58); new base T (3/3); total (52/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
TTGTCTTCTATCCGCTGATAAATAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCGGGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCGCGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGCCAGGATCGGCA > NC_000913/4285179‑4285476 | ttGTCTTCTATCCGCTGATAAATAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTAcgccgc > 2:11479/1‑150 (MQ=255) ctATCCGCTGATAAATAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGc < 2:593878/150‑1 (MQ=255) ctATCCGCTGATAAATAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGc < 1:448128/150‑1 (MQ=255) ctATCCGCTGATAAATAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGc < 2:738046/150‑1 (MQ=255) ctATCCGCTGATAAATAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGc < 2:1563637/150‑1 (MQ=255) ctATCCGCTGATAAATAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGc < 1:572195/150‑1 (MQ=255) aTCCGCTGATAAATAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGcct < 1:170972/150‑3 (MQ=255) aTCCGCTGATAAATAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGcaa > 2:203216/1‑150 (MQ=255) 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ccgcATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCGGGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCGCGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGCCAGGATCgg < 2:1233166/150‑1 (MQ=255) | TTGTCTTCTATCCGCTGATAAATAGTGCCATTCATCACAGATTCTCCAGAGGTAATGTAGGGATTGTTTTAATTCCCGCTCCCTTATGGGAGAAGGTTAACGCTCGGGTAACCCTTGCCGAATGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAATCAATGCCTGATGCGACGCTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAAACCGTTACCGACTCGCATCGGGCAATTGTGGGTTACGATGGCATCGCGATAGCCTGCTTCTCTTCAAGCAGCTTCTCGACTACGCCAGGATCGGCA > NC_000913/4285179‑4285476 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |