| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,332,871 | A→C | 11.9% | S134R (AGT→AGG) | basS ← | sensory histidine kinase BasS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,332,871 | 0 | A | C | 11.9% | 282.2 / 32.2 | 110 | S134R (AGT→AGG) | basS | sensory histidine kinase BasS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/49); new base C (6/7); total (54/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
TCAAGCCGTGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGAT > NC_000913/4332722‑4333019 | tCAAGCCGTGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGa > 1:448122/1‑150 (MQ=255) cAAGCCGTGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGAc < 2:489974/150‑1 (MQ=255) aaGCCGTGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACt > 1:753266/1‑150 (MQ=255) aGCCGTGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTg > 2:1342543/1‑150 (MQ=255) ccGTGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGTCGCCTGAc < 1:153608/150‑1 (MQ=255) ccGTGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGAc > 1:1035350/1‑150 (MQ=255) ccGTGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGAAGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGAc > 2:141125/1‑150 (MQ=255) cGTGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGAcc < 1:1004528/150‑1 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGTCGCCTGACCAg < 1:406119/150‑1 (MQ=255) gCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGTCGCCTGACCAgc < 1:1065314/150‑2 (MQ=255) cACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGTCGCCTGACCAgcac < 1:1338944/150‑4 (MQ=255) cACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATc > 1:730069/1‑150 (MQ=255) cACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATc > 2:1621931/1‑150 (MQ=255) cTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGt < 1:141125/150‑1 (MQ=255) tAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGtt < 1:1128734/150‑1 (MQ=255) tAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGtt < 1:1446790/150‑1 (MQ=255) aaCGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGttt < 1:1184286/150‑1 (MQ=255) aaCGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGttt > 2:812782/1‑150 (MQ=255) 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> 1:987034/1‑150 (MQ=255) gcagTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTgg < 2:1353129/150‑1 (MQ=255) tCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCtg > 1:537440/1‑150 (MQ=255) tCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCtg > 2:529182/1‑150 (MQ=255) cAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCtgtg > 1:128892/1‑150 (MQ=255) cAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCtgtg < 1:773411/150‑1 (MQ=255) 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ccTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAg < 2:1267396/150‑1 (MQ=255) ttCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTATGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAgcgg < 2:892236/150‑1 (MQ=255) aTCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCCgctggcggag > 2:687933/1‑148 (MQ=255) tCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTg < 2:957872/150‑1 (MQ=255) cAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGAt < 2:1367743/150‑1 (MQ=255) aacgatcTGGTCAGTCGCCTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATg > 1:673583/7‑150 (MQ=255) gCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGctct < 1:500062/119‑1 (MQ=255) gCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGctct > 2:500062/1‑119 (MQ=255) acgatcTGGTCAGTCGCCTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATgc > 2:821032/6‑150 (MQ=255) gatcTGGTCAGTCGCCTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATgcgg > 1:1198555/4‑150 (MQ=255) gTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATgcgg > 1:1289108/1‑150 (MQ=255) gCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATgcggcg < 2:537440/150‑1 (MQ=255) gCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATgcggcg > 2:1210271/1‑150 (MQ=255) ggTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGc < 2:343268/109‑1 (MQ=255) ggTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGc > 1:343268/1‑109 (MQ=255) ggTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTAc > 2:1372956/1‑150 (MQ=255) ggTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTAc > 1:563930/1‑150 (MQ=255) aGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGcc < 1:131076/150‑1 (MQ=255) gCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTg < 1:812782/150‑1 (MQ=255) cGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGa < 2:255331/150‑1 (MQ=255) cGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGa < 2:1168397/150‑1 (MQ=255) cGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGa < 2:1122724/150‑1 (MQ=255) cGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGGGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGa < 1:683974/150‑1 (MQ=255) gACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGAt < 1:668616/150‑1 (MQ=255) gACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGAt < 1:1087609/150‑1 (MQ=255) | TCAAGCCGTGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCAGATGCAAACGCACCCCCGCCAGTGGCGTTCGCAGTTCGTGCGCGACGTCAGCGGTAAACAACCTTTCGTTATCCAGCGTGCTGGTCAGGCGACTGACCAGATCGTTTAACGCCGAAACCACCGCTTCGATTTCGAGGGTGGCGCTGTGAATGGCAATGGGCGTTAAGTTGTCGGCGGTGCGCGCTTCCAGCTCTTTTTGCAGCTCCGCCAGCGGGCGGGTGATGCGGCGTACCGCCTGAT > NC_000913/4332722‑4333019 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |