Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 517,379 | C→A | 6.8% | intergenic (+17/+46) | fetB → / ← cnoX | putative iron ABC exporter membrane subunit FetB/chaperedoxin |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 517,379 | 0 | C | A | 6.8% | 347.7 / 9.7 | 103 | intergenic (+17/+46) | fetB/cnoX | putative iron ABC exporter membrane subunit FetB/chaperedoxin |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/46); new base A (4/3); total (54/49) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 |
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
ATATCAGATTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTGCATCACCCGTACCCAGCGCAGCGAGGATCTCCTGGAACGTTTTACGCGTCTG > NC_000913/517230‑517523 | atatCAGATTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATgcgc < 2:453226/150‑1 (MQ=255) tatCAGATTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCgca > 2:481041/1‑150 (MQ=255) tCAGATTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCgcagc > 2:859801/1‑150 (MQ=255) cAGATTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCACCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCgcagca > 1:1106239/1‑150 (MQ=255) aTTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAgcatcg < 1:272760/150‑1 (MQ=255) aTTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAgcatcg < 2:126256/150‑1 (MQ=255) aTTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAgcatcg < 2:1129665/150‑1 (MQ=255) tATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAgcatcgca < 1:165687/150‑1 (MQ=255) aTGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAgcatcgcat > 2:1450155/1‑150 (MQ=255) tGGTGACCTTTATGCTGCTCTCACCCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAgcatcgcatc > 2:603760/1‑150 (MQ=255) gTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCg > 1:509679/1‑150 (MQ=255) gTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGATGCTGCGCATCCg < 2:408045/150‑1 (MQ=255) gACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGTCGGATGCGATGCTGCGCATCCGGc > 2:418919/1‑150 (MQ=255) gACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGATGCTGCGCATCCGGc < 1:1280528/150‑1 (MQ=255) ccTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGt > 1:152037/1‑150 (MQ=255) cTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGtt < 2:1292946/150‑1 (MQ=255) ctgctCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTc > 2:606194/1‑150 (MQ=255) tgctCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCa < 1:481041/150‑1 (MQ=255) tcctctCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCa < 2:818659/148‑1 (MQ=255) ctctCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCAtg < 2:338495/150‑1 (MQ=255) ctcAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATCGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCAtgtg < 2:992924/150‑1 (MQ=255) cAAGCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGGATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGcc < 1:378308/150‑1 (MQ=255) cAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGcc > 2:174370/1‑150 (MQ=255) cAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGcc > 2:835841/1‑150 (MQ=255) aaaagacAGCTTTTCGAAAATTATTGAATGCTATTTAACATATCGTAATATTTATATTTCGAACAAAAAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCg > 2:605118/7‑150 (MQ=255) aaCCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCg < 2:60973/150‑1 (MQ=255) ccGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGAt > 1:426826/1‑150 (MQ=255) cGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATc < 1:196009/150‑1 (MQ=255) 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attGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGATTATCAATacaac > 2:1163366/1‑150 (MQ=255) gCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAAt > 1:1416906/1‑150 (MQ=255) ccTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATg < 1:35329/150‑1 (MQ=255) aTTTAACCTGTCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACa < 1:1557382/150‑1 (MQ=255) aTTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACa < 1:1467237/150‑1 (MQ=255) tttAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAg < 2:879352/150‑1 (MQ=255) ttAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGc < 1:126517/150‑1 (MQ=255) tAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCt > 1:759035/1‑150 (MQ=255) aaCCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTg > 2:280998/1‑150 (MQ=255) aCCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTgg > 1:297138/1‑150 (MQ=255) 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ttttATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTc < 1:102394/150‑1 (MQ=255) tataATTCGCACCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGAc < 2:1106239/150‑1 (MQ=255) ataATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCCTCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACg > 1:1559402/1‑150 (MQ=255) ataATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACg < 2:509679/150‑1 (MQ=255) cgcgCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTg < 1:792750/150‑1 (MQ=255) 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2:1542577/150‑1 (MQ=255) tggtggTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTGCATCACCCGTAc > 1:1627636/1‑150 (MQ=255) cAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTGCATCACCCGTACCcagcgcagcg > 2:622321/1‑150 (MQ=255) cAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTGCATCACCCGTACCcagcgcagcg > 2:616668/1‑150 (MQ=255) aTTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTGCATCACCCGTACCCAGCGCAGCGAg < 1:1353057/150‑1 (MQ=255) ttGAAGAAGAAATGAGGCGATGCCGCATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTGCATCACCCGTACCCAGCGCAGCGAgg < 2:431944/150‑1 (MQ=255) 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cacaacgcCGGATGCGATGCTGCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTGCATCACCCGTACCCAGCGCAGCGAGGATCTCCTGGAACGtt > 1:466694/7‑150 (MQ=255) gcgatgcCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTGCATCACCCGTACCCAGCGCAGCGAGGATCTCCTGGAACGttt < 1:914791/150‑1 (MQ=255) cgatgcCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTGCATCACCCGTACCCAGCGCAGCGAGGATCTCCTGGAACGtttt > 2:765835/1‑150 (MQ=255) cgatgcCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTGCATCACCCGTACCCAGCGCAGCGAGGATCTCCTGGAACGtttt < 2:1416906/150‑1 (MQ=255) tgcCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTGCATCACCCGTACCCAGCGCAGCGAGGATCTCCTGGAACGTTTTAcg < 2:426826/150‑1 (MQ=255) 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ATATCAGATTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTGCATCACCCGTACCCAGCGCAGCGAGGATCTCCTGGAACGTTTTACGCGTCTG > NC_000913/517230‑517523 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |