Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,335,655 | T→A | 6.5% | intergenic (‑65/+39) | eptA ← / ← adiC | phosphoethanolamine transferase EptA/arginine:agmatine antiporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,335,655 | 0 | T | A | 6.5% | 340.5 / 9.7 | 108 | intergenic (‑65/+39) | eptA/adiC | phosphoethanolamine transferase EptA/arginine:agmatine antiporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/63); new base A (2/5); total (40/68) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-01 |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
AGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAAATGACCACATA > NC_000913/4335508‑4335802 | aGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCt < 1:775631/150‑1 (MQ=255) aGGCAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCt < 2:767765/150‑1 (MQ=255) cAGATAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGGCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTaa < 2:1598458/150‑1 (MQ=255) aTAGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGt < 1:1045158/150‑1 (MQ=255) agagATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGAAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTg < 1:966787/150‑1 (MQ=255) gagaTATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGAACTTAAGGTTgg < 1:977007/150‑1 (MQ=255) gagaTATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGAACTTAAGGTTgg < 1:121861/150‑1 (MQ=255) agaTATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGAACTTAAGGTTGGc < 2:454485/150‑1 (MQ=255) gaTATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGTGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGAACTTAAGGTTGGCt < 2:1395644/150‑1 (MQ=255) gaTATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCt > 2:532952/1‑150 (MQ=255) gaTATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCt > 1:413918/1‑150 (MQ=255) aaaaaGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGTGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTAt < 2:656169/150‑1 (MQ=255) aaaaaGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTAt > 2:442139/1‑150 (MQ=255) aaaaaGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTAt < 2:319152/150‑1 (MQ=255) aaaaaGCCGACAACAATAGCAAGGATATTAAATTCAAATAGGGTCTTTATAGTAGGCGCTACAACAAAACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTAt > 2:247422/1‑150 (MQ=255) aaaaGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGTGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATg < 1:697748/150‑1 (MQ=255) aaaaGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATg > 1:139302/1‑150 (MQ=255) aaGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGtt > 2:1547016/1‑150 (MQ=255) 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aGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATc < 2:1250998/150‑1 (MQ=255) tAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCtt < 2:128234/150‑1 (MQ=255) aaTTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAggg > 1:1324289/1‑137 (MQ=255) aaTTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAggg < 2:1324289/137‑1 (MQ=255) aaTTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTg > 1:173950/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |