| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 517,380 | A→T | 6.8% | intergenic (+18/+45) | fetB → / ← cnoX | putative iron ABC exporter membrane subunit FetB/chaperedoxin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 517,380 | 0 | A | T | 6.8% | 317.4 / 10.0 | 103 | intergenic (+18/+45) | fetB/cnoX | putative iron ABC exporter membrane subunit FetB/chaperedoxin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (50/46); new base T (4/3); total (54/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.58e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
TATCAGATTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTGCATCACCCGTACCCAGCGCAGCGAGGATCTCCTGGAACGTTTTACGCGTCTGACCGTC > NC_000913/517231‑517529 | tatCAGATTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCgca > 2:481041/1‑150 (MQ=255) tCAGATTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCgcagc > 2:859801/1‑150 (MQ=255) cAGATTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCACCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCgcagca > 1:1106239/1‑150 (MQ=255) aTTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAgcatcg < 1:272760/150‑1 (MQ=255) aTTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAgcatcg < 2:126256/150‑1 (MQ=255) aTTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAgcatcg < 2:1129665/150‑1 (MQ=255) tATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAgcatcgca < 1:165687/150‑1 (MQ=255) tGGTGACCTTTATGCTGCTCTCACCCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAgcatcgcatc > 2:603760/1‑150 (MQ=255) 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TATCAGATTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTGCATCACCCGTACCCAGCGCAGCGAGGATCTCCTGGAACGTTTTACGCGTCTGACCGTC > NC_000913/517231‑517529 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |