| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,360,310 | 0 | A | T | 6.3% | 411.5 / 12.1 | 137 | intergenic (‑279/+86) | cadB/cadC | lysine:cadaverine antiporter/DNA‑binding transcriptional activator CadC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (60/68); new base T (4/5); total (64/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
CACAAAAGTTTCTGTAAGTGAGAACTTGAGGTTTTTTATTAACACATCAGGATCGCAAGTTGATATCATGAAAAGATAAACATTTAATGTTTACAATGGATTGCGTGACATTCTCTGGTTAAATTTATGTAATAAAAATTATGCGGCAAATAAATTGCCGCAACATATTATACCAACAGGAACATACAAAAACTCAACAACAAATATTTCCGAGCATAAATCAACCCGGAGTTACTTATTCTGAAGCAAGAAATTTGTCGAGATAAGGTACAACATAAGGAACAGAAGTCTGGAATAT > NC_000913/4360161‑4360458 | cacaAAAGTTTCTGTAAGTGAGAACTTGAGGTTTTTTATTAACACATCAGGATCGCAAGTTGATATCATGAAAAGATAAACATTTAATGTTTACAATGGATTGCGTGACATTCTCTGGTTAAATTTATGTAATAAAAATTATGCGGCaaa > 1:1337257/1‑150 (MQ=255)cacaAAAGTTTCTGTAAGTGAGAACTTGAGGTTTTTTATTAACACATCAGGATCGCAAGTTGATATCATGAAAAGATAAACATTTAATGTTTACAATGGATTGCGTGACATTCTCTGGTTAAATTTATGTAATAAAAATTATGCGGCaaa > 1:1614248/1‑150 (MQ=255) acaAAAGTTTCTGTAAGTGAGAACTTGAGGTTTTTTATTAACACATCAGGATCGCAAGTTGATATCATGAAAAGATAAACATTTAATGTTTACAATGGATTGCGTGACATTCTCTGGTTAAATTTATGTAATAAAAATTATGCGGCaaat > 1:804505/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |