| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 517,384 | T→G | 7.1% | intergenic (+22/+41) | fetB → / ← cnoX | putative iron ABC exporter membrane subunit FetB/chaperedoxin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 517,384 | 0 | T | G | 7.1% | 296.3 / 13.0 | 98 | intergenic (+22/+41) | fetB/cnoX | putative iron ABC exporter membrane subunit FetB/chaperedoxin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/43); new base G (4/3); total (52/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
ATTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTGCATCACCCGTACCCAGCGCAGCGAGGATCTCCTGGAACGTTTTACGCGTCTGACCGTCTGC > NC_000913/517237‑517532 | aTTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAgcatcg < 2:1129665/150‑1 (MQ=255)aTTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAgcatcg < 1:272760/150‑1 (MQ=255)aTTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAgcatcg < 2:126256/150‑1 (MQ=255) 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gACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGTCGGATGCGATGCTGCGCATCCGGc > 2:418919/1‑150 (MQ=255) gACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGATGCTGCGCATCCGGc < 1:1280528/150‑1 (MQ=255) ccTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGt > 1:152037/1‑150 (MQ=255) cTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGtt < 2:1292946/150‑1 (MQ=255) ctgctCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTc > 2:606194/1‑150 (MQ=255) 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cGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATc > 2:792750/1‑150 (MQ=255) gCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCa > 2:914791/1‑150 (MQ=255) gCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACgg < 2:31857/150‑1 (MQ=255) tGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAat > 2:1362423/1‑150 (MQ=255) gTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAata > 2:1098516/1‑150 (MQ=255) 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ATTATGGTGACCTTTATGCTGCTCTCAACCGCCAGCTTGTCGACCATTATTGCCTGCTATTTAACCTATCGTAAGTTTTATAATTCGCGCCACCAGTTGGTGGTGACGCAATTGAAGAAGAAATGATGCGATGCCGGATGCGCAGCATCGCATCCGGCGTTGTGGTTCATGTGCCGATCAACGGAATATCAATACAACAATGCATACAGCTGGCGGCGATACTTCGACGCCAGTGCATCACCCGTACCCAGCGCAGCGAGGATCTCCTGGAACGTTTTACGCGTCTGACCGTCTGC > NC_000913/517237‑517532 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |