| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,497,292 | A→C | 10.3% | pseudogene (543/1191 nt) | intB → | KpLE2 phage‑like element; putative integrase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,497,292 | 0 | A | C | 10.3% | 236.5 / 20.0 | 88 | pseudogene (543/1191 nt) | intB | KpLE2 phage‑like element; putative integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/40); new base C (4/5); total (43/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.02e-01 | |||||||||||
CTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATGCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAGAACTCACTTTGCTGATCTTTATTCGGTCCAGTGAGCTGCGTTTTGCTCGTTGGTCAGAGATCGATTTCGAAGCGTCTA > NC_000913/4497146‑4497440 | cTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATGCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAg < 1:603090/150‑1 (MQ=255)cTTGAAGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATGCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAg > 2:1435441/1‑150 (MQ=255) aaGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATGCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCa > 1:193459/1‑150 (MQ=255) aGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATGCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTTAATTCAAgcgcgg < 1:1408533/150‑3 (MQ=255) aGTGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATGCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTTAATTCAAgcgcgg < 2:160760/150‑3 (MQ=255) tGGCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATGCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTTAATTCAAgcgcggga < 1:1409086/150‑5 (MQ=255) ggCCGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATGCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTTAATTCAAgcgcgggac < 1:558826/150‑6 (MQ=255) ccGCTCGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATGCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTg < 2:506095/150‑1 (MQ=255) cGTCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATGCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTg > 1:1047079/1‑150 (MQ=255) tCTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATGCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCt < 2:988714/150‑1 (MQ=255) cTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATGCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCtt < 2:1338531/150‑1 (MQ=255) cTTCAGCAGCGCACTACAGCCATCATGCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCtt < 2:1114077/150‑1 (MQ=255) cagcagCGCACTACAGCCATCATGCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACa > 2:1173232/1‑150 (MQ=255) gcagcGCACTACAGCCATCATGCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACaaa > 2:853532/1‑150 (MQ=255) agcGCACTACAGCCATCATGCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACaaaaa < 1:710698/150‑1 (MQ=255) gcgcACTACAGCCATCATGCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAat > 2:108572/1‑150 (MQ=255) aCTACAGCCATCATGCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGTCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTTAGTTGCTTACAAAAatagat < 2:1192517/150‑1 (MQ=255) tACAGCCATCATGCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAatagatag < 1:178626/150‑1 (MQ=255) 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gCCATCATGCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGAACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCtat > 1:243397/1‑150 (MQ=255) atcatGCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACt < 2:1517441/150‑1 (MQ=255) tGCGCTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTa > 1:314542/1‑150 (MQ=255) cgcTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAgg > 1:206676/1‑150 (MQ=255) cTATGCAGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGcc > 1:1181108/1‑150 (MQ=255) aGTGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCACTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAAc > 1:303192/1‑150 (MQ=255) tGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAAccc < 1:56238/150‑1 (MQ=255) tGCAAAGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAAccc < 1:1435441/150‑1 (MQ=255) aaaGTGGGTTAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGAt < 1:281313/150‑1 (MQ=255) tGGGTTAATTGATTATAACCCGGAACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGc < 2:243397/150‑1 (MQ=255) ttAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATa < 1:388775/150‑1 (MQ=255) ttAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCATGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATa < 2:818096/150‑1 (MQ=255) tAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAg < 2:555859/150‑1 (MQ=255) tAATTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAg < 2:1412933/150‑1 (MQ=255) aaTTGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAGa < 1:1381871/150‑1 (MQ=255) tGATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAGAACt < 2:1411229/150‑1 (MQ=255) gATTATAACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAGAACTc > 2:708533/1‑150 (MQ=255) tataACCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAGAACTCACt > 2:1137094/1‑150 (MQ=255) aaCCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAGAACTCACTTTg > 2:1626143/1‑150 (MQ=255) aCCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAGAACTCACTTTGc < 1:425633/150‑1 (MQ=255) aCCCGGCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGACGCTAACCCGATGGGCGATAGAACTCACTTTGc > 1:569767/1‑150 (MQ=255) ggCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAGAACTCACTTTGCTGAt < 2:1442879/150‑1 (MQ=255) gCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAGAACTCACTTTGCTGATc < 1:108572/150‑1 (MQ=255) gCACAAGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAGAACTCACTTTGCTGATc > 1:891646/1‑150 (MQ=255) cagagCTGGCTTGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCTACATCATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAGAACTCACTTTGCTGATCTTTa < 1:861976/149‑1 (MQ=255) aaGAGATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAGAACTCACTTTGCTGATCTTTa < 1:658039/150‑1 (MQ=255) agagATGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAGAACTCACTTTGCTGATCTTTAt > 1:601638/1‑150 (MQ=255) gagaTGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAGAACTCACTTTGCTGATCTTTAtt < 1:146475/150‑1 (MQ=255) gagaTGGCTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAGAACTCACTTTGCTGATCTTTAtt < 1:297938/150‑1 (MQ=255) cTGGGGCGGTTGCTTCCTGTAATCGACAACATCGTCCCGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAGAACTCACTTTGCTGATCTTTATTCGGTCCa > 2:209062/1‑150 (MQ=255) 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ccGCGCTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAGAACTCACTTTGCTGATCTTTATTCGGTCCAGTGAGCTCCGTTTTGCTCGTTGGTCAGAGATCGAtt > 2:211909/1‑150 (MQ=255) gcgcTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAGAACTCACTTTGCTGATCTTTATTCGGTCCAGTGAGCTGCGTTTTGCTCGTTGGTCAGAGATCGATTTc < 1:1626143/150‑1 (MQ=255) cTTGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTCGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAGAACTCACTTTGCTCATCTTTATTCGGTCCAGTGAGCTGCGTTTTGCTCGTTGGTCAGAGATCGATTTCGaa > 2:728354/1‑150 (MQ=255) ttGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAGAACTCACTTTGCTGATCTTTATTCGGTCCAGTGAGCTGCGTTTTGCTCGTTGGTCAGAGATCGATTTCGAAg < 1:497375/150‑1 (MQ=255) tGAATTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAGAACTCACTTTGCTGATCTTTATTCGGTCCAGTGAGCTGCGTTTTGCTCGTTGGTCAGAGATCGATTTCGAAGc > 1:86073/1‑150 (MQ=255) aTTAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAGAACTCACTTTGCTGATCTTTATTCGGTCCAGTGAGCTGCGTTTTGCTCGTTGGTCAGAGATCGATTTCGAAGCGTc < 1:366938/150‑1 (MQ=255) tAAAGCGCATCCCTGAGTTTCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAGAACTCACTTTGCTGATCTTTATTCGGTCCAGTGAGCTGCGTTTTGCTCGTTGGTCAGAGATCGATTTCGAAGCGTCta < 2:1033701/150‑1 (MQ=255) tAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGGCGATAGAACTCACTTTGCTGATCTTTATTCGGTCCAGTGAGCTGCGTTTTGCTCGTTGGTCAGAGATCGATTTCGAAGCGTCta < 2:966731/150‑1 (MQ=255) tAAAGCGCATCCCTGAGTTGCTTACAAAAATAGATAGCTATACTGGTAGGCCGCTAACCCGATGGCCGATAGAACTCACTTTGCTGATCTTTATTCGGTCCAGTGAGCTGCGTTTTGCTCGTTGGTCAGAGATCGATTTCGAAGAGTCta > 2:93366/1‑150 (MQ=255) | 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |