Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,502,963 | T→A | 5.8% | N157Y (AAC→TAC) ‡ | insG ← | KpLE2 phage‑like element; IS4 putative transposase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,502,963 | 0 | T | A | 5.8% | 325.9 / 7.2 | 104 | N157Y (AAC→TAC) ‡ | insG | KpLE2 phage‑like element; IS4 putative transposase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/47); new base A (2/4); total (53/51) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.40e-01 |
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GTCAGAGTGTTATCGCCGGTTTGTTCTATAAGTTGCTCAGCAAGCTCATTTTCGCTGTTCTTCATCGTGCCGAAGGCTGCAGCCGTCAGCAGATGGCTGGTCAGTTCCATCTGGCAGACCATTTTGACCTGCGGGTAGAGCGCCGGGTTCCCGGCATGTGTCTGGCGGGGGAAGGCTGCATCGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCTGTTTTCGTGA > NC_000913/4502815‑4503109 | gTCAGAGTGTTATCGCCGGTTTGTTCTATAAGTTGCTCAGCAAGCTCATTTTCGCTGTTCTTCATCGTGCCGAAGGCTGCAGCCGTCAGCAGATGGCTGGTCAGTTCCATCTGGCAGACCATTTTGACCTGCGGGTAGAGCGCCGGGTTc < 2:44599/150‑1 (MQ=255) tCAGAGTGTTATCGCCGGTTTGTTCTATAAGTTGCTCAGCAAGCTCATTTTCGCTGTTCTTCATCGTGCCGAAGGCTGCAGCCGTCAGCAGATGGCTGGTCAGTTCCATCTGGCAGACCATTTTGACCTGCGGGTAGAGCGCCGGGTTcc < 2:1441382/150‑1 (MQ=255) gagTGTTATCGCCGGTTTGTTCTATAAGTTGCTCAGCAAGCTCATTTTCGCTGTTCTTCATCGTGCCGAAGGCTGCAGCCGTCAGCAGATGGCTGGTCAGTTCCATCTGGCAGACCATTTTGACCTGCGGGTAGAGCGCCGGGTTCCCgg > 2:885814/1‑150 (MQ=255) 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gggTAGAGCGCCGGGTTCCCGGCATGTGTCTGGCGGGGGAAGGCTGCATCGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTgc < 1:566944/150‑1 (MQ=255) ggTAGAGCGCCGGGTTCCCGGCATGTGTCTGGCGGGGGAAGGCTGCATCGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTgcg < 1:133946/150‑1 (MQ=255) gTAGAGCGCCGGGTTCCCGGCATGTGTCTGGCGGGGGAAGGCTGCATCGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTgcgc < 1:1464851/150‑1 (MQ=255) catgcCGGGAACCCGGCATGTGTCTGGCGGGGGAAGGCTGCATCGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCTGtt > 1:427288/4‑150 (MQ=255) cgcCGGGTTCCCGGCATGTGTCTGGCGGGGGAAGGCTGCATCGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCTGtttt < 1:889931/150‑1 (MQ=255) 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ggTTCCCGGCATGTGTCTGGCGGGGGAAGGCTGCATCGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCTGTTTTCGTGa < 1:1272046/150‑1 (MQ=255) | GTCAGAGTGTTATCGCCGGTTTGTTCTATAAGTTGCTCAGCAAGCTCATTTTCGCTGTTCTTCATCGTGCCGAAGGCTGCAGCCGTCAGCAGATGGCTGGTCAGTTCCATCTGGCAGACCATTTTGACCTGCGGGTAGAGCGCCGGGTTCCCGGCATGTGTCTGGCGGGGGAAGGCTGCATCGTTCTCTGGTGTATCCGGTGTGCGCCAGAACACACCATCGATGGCCAGCAGGGTCAGGCCGCACCAGTGCGGATGCGGCGTGGCGTTATGCCAGAGCTGCGCTGTTTTCGTGA > NC_000913/4502815‑4503109 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |