| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,518,736 | A→G | 6.0% | A70A (GCA→GCG) | insA‑7 → | KpLE2 phage‑like element; IS1 repressor protein InsA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,518,736 | 0 | A | G | 6.0% | 195.9 / 2.2 | 66 | A70A (GCA→GCG) | insA‑7 | KpLE2 phage‑like element; IS1 repressor protein InsA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/29); new base G (2/2); total (35/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
AAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGTGCTAAATCACGT > NC_000913/4518591‑4518885 | aaaGCACTGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCa < 1:1506168/150‑1 (MQ=255) cACTGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTAt > 1:1303169/1‑150 (MQ=255) cTGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATgg < 1:1098801/150‑1 (MQ=255) tGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATggg < 1:372364/150‑1 (MQ=255) tGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATggg < 1:839739/150‑1 (MQ=255) cccGGACAACAGCGCTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTAAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATCTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGc > 2:603550/2‑150 (MQ=255) cGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGt > 1:524605/1‑150 (MQ=255) gACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTg < 1:893787/150‑1 (MQ=255) aCATCAGCGCTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACGGCCTCTCAGCCGGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGTATGTCGCGCCAGTTCACGCATTATGGGCGTTgg < 2:479756/150‑1 (MQ=255) aTCAGCGCTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGcc < 2:994000/150‑1 (MQ=255) cAGCGCTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTc > 2:667076/1‑150 (MQ=255) aGCGCTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCCGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGGCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCa < 1:534894/150‑1 (MQ=255) cgcTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAac < 2:256466/150‑1 (MQ=255) gcTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAaca > 1:894328/1‑150 (MQ=255) cTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAacac > 1:11761/1‑150 (MQ=255) tctcTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGt < 2:954179/150‑1 (MQ=255) tctGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGttt < 1:1592134/150‑1 (MQ=255) ctGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTAAACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGtttt > 2:238622/1‑150 (MQ=255) 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acacCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTcgcg < 2:442842/150‑1 (MQ=255) acacCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTcgcg < 2:437389/150‑1 (MQ=255) acacCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTcgcg < 1:1374167/150‑1 (MQ=255) cacCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCgcgc < 2:11761/150‑1 (MQ=255) cacCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCgcgc > 2:1116959/1‑150 (MQ=255) ccGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCAt > 1:1012160/1‑150 (MQ=255) ctctCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAACACTCAGGCCGCAGTCGGTACCCTCGCGCATCCaa > 2:194168/1‑150 (MQ=255) tctcAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCACACAAc > 1:1207953/1‑150 (MQ=255) ctcAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAAcc > 2:1321879/1‑150 (MQ=255) aaGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAgtgatg < 2:524605/150‑1 (MQ=255) aGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAgtgatgt < 2:894328/150‑1 (MQ=255) cACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGAACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAgtgatgtga > 2:1007504/1‑150 (MQ=255) aCCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAgtgatgtgat < 2:1212902/150‑1 (MQ=255) cAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTg < 2:1522317/150‑1 (MQ=255) gAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCGCGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTc > 2:1216208/1‑150 (MQ=255) 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ggATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGGGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACg < 1:930963/150‑1 (MQ=255) gATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGt > 1:1418234/1‑150 (MQ=255) gTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCgg < 1:1214814/150‑1 (MQ=255) tCGCGCCAGTGCGCGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGt < 1:1216208/150‑1 (MQ=255) tCGCGCCAGTGCGCGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGt < 1:1221857/150‑1 (MQ=255) 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gCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGATGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGTGCTAAATCAc < 2:367759/150‑1 (MQ=255) cACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGTGCTAAATCACg > 1:900859/1‑150 (MQ=255) cACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGTACTAAATCACg < 2:377765/150‑1 (MQ=255) aCGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGTGCTAAATCACGt < 2:722182/150‑1 (MQ=255) | AAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTT‑AAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGTGCTAAATCACGT > NC_000913/4518591‑4518885 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |