| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 681,694 | A→G | 8.1% | intergenic (+31/+29) | djlC → / ← hscC | co‑chaperone DjlC/chaperone protein HscC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 681,694 | 0 | A | G | 8.1% | 282.1 / 12.0 | 99 | intergenic (+31/+29) | djlC/hscC | co‑chaperone DjlC/chaperone protein HscC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/47); new base G (3/5); total (47/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TGAAGAAAAAAATGATGAGGGTGAAAAACCACAGAGCATTACCAGCATTATCAAAATCAGTTTAACGGTGCTGGTGATAGGTTATGCTCTCGGCAAAATCGCGATGTTGTTTAGCTGACGATGTGTTTTTTGCGCCGATGCCGGATGCAGCGTTTACGCCGCATCCGGCAGCCGTGTTTATGGGATCTCAATGGCTAAATAATCGCTCGCCCGCCGCCGAACTTCATCCACGCGGGCCATATCGTTTGACTGCAACGCCGCATCAAAATCGGTGATCACCCGGCCGATCTCTTCTCGC > NC_000913/681546‑681843 | tGAAGAAAAAAATGCTGAGTTTGAAAAACCACATAGCATTACCAGCATTATCAAAATGCGTTTAACGGTGCTTGTTATATGTTATGCTCTCGGCAAAATCGCCATGTTGTTTAGCTGACGATGTGTGTTTTGCGCCGTTGCCGGATGCAg < 2:1491036/150‑1 (MQ=255) agaaAAAAATGATGAGGGTGAAAAACCACAGAGCATTACCAGCATT‑TCAAAATCAGTTTAACGGTGCTGGTGATAGGTTATGCTCTCGGCAAAATCGCGATGTTGTTTAGCTGACGATGTGTTTTTTGCGCCGATGCCGGATGCAGCGtt > 1:1495776/1‑150 (MQ=255) aaaaaaTGATGAGGGTGAAAAACCACAGAGCATTACCAGCATTATCAAAATCAGTTTAACGGTGCTGGTGATAGGTTATGCTCTCGGCAAAATCGCGATGTTGTTTAGCTGACGATGTGTTTTTTGCGCCGATGCCGGATGCGGCGtaaa < 2:571327/150‑4 (MQ=255) 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aGCGTTTACGCCGCATCCGGCAGCCGTGTTTATGGGATCTCAATGGCTAAATAATCGCTCGCCCGCCGCCGAACTTCATCCACGCGGGCCATATCGTTTGACTGCAACGCCGCATCAAAATCGGTGATCACCCGGCCGATCTCTTctcgc > 1:345135/1‑150 (MQ=255) aGCGTTTACGCCGCATCCGGCAGCCGTGTTTATGGGATCTCAATGGCTAAATAATCGCTCGCCCGCCGCCGAACTTCATCCACGCGGGCCATATCGTTTGACTGCAACGCCGCATCAAAATCGGTGATCACCCGGCCGATCTCTTctcgc > 2:952318/1‑150 (MQ=255) | TGAAGAAAAAAATGATGAGGGTGAAAAACCACAGAGCATTACCAGCATTATCAAAATCAGTTTAACGGTGCTGGTGATAGGTTATGCTCTCGGCAAAATCGCGATGTTGTTTAGCTGACGATGTGTTTTTTGCGCCGATGCCGGATGCAGCGTTTACGCCGCATCCGGCAGCCGTGTTTATGGGATCTCAATGGCTAAATAATCGCTCGCCCGCCGCCGAACTTCATCCACGCGGGCCATATCGTTTGACTGCAACGCCGCATCAAAATCGGTGATCACCCGGCCGATCTCTTCTCGC > NC_000913/681546‑681843 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |