| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 721,004 | T→A | 11.7% | intergenic (+164/+52) | ybfK → / ← kdpE | uncharacterized protein YbfK/DNA‑binding transcriptional activator KdpE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 721,004 | 0 | T | A | 11.7% | 521.4 / 45.1 | 187 | intergenic (+164/+52) | ybfK/kdpE | uncharacterized protein YbfK/DNA‑binding transcriptional activator KdpE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/111); new base A (3/19); total (57/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.49e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.33e-01 | |||||||||||
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
AAGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCGTGGGCGGGCGGGATCCTGTTCCAGTTTTTGTCGCAGATGTCCCATATA > NC_000913/720855‑721151 | atTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTATTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGtatttatt > 1:1367348/1‑150 (MQ=255) tCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATttattat < 2:712207/150‑1 (MQ=255) ccAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTTATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACgg > 1:1111646/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCGTGGGCGGGCGGGATCCTGTTCCAGTTTTTGTCGCAGATGTc < 2:425385/150‑1 (MQ=255) | AAGATATTCTATCCAGGAAATACGGTTGAACTGTGAAGGTGATCAATAAAAAATGATCAATCTTAATTTATTTAATGATGAGCTTTTTACTCAGTAATATAAAATATTGAATTGTTATTTTTGTGTGTTGTTTAAGATAAAAAGCCGTATTTATTATTACGGCTTTAATTAATAAAAGGCAGGCTGTATTAAAATTAATATTCAAAGCATAAACCGATAGCCAATACCGGTTTCAGTAATGAAATGGCGTGGGCGGGCGGGATCCTGTTCCAGTTTTTGTCGCAGATGTCCCATATA > NC_000913/720855‑721151 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |