| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 749,652 | T→G | 5.6% | N19T (AAT→ACT) ‡ | ybgP ← | putative fimbrial chaperone YbgP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 749,652 | 0 | T | G | 5.6% | 347.5 / 9.6 | 108 | N19T (AAT→ACT) ‡ | ybgP | putative fimbrial chaperone YbgP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/61); new base G (2/4); total (43/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
GCATCGCTTTTCTCCCCTTTTTCATTTTCTATCCAGGAATAAGCAAGATAAGGCAGTTTGTCACTTTGGTTTTCGATACGCAGGCTGGTGGCTTTGTCATTGGCGTTAAACACAATGCGTGTGCGATCGGGTTGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCC > NC_000913/749508‑749801 | gCATCGCTTTTCTCCCCTTTTTCATTTTCTATCCAGGAATAAGCAAGATAAGGCAGTTTGTCACTTTGGTTTTCGATACGCAGGCTGGTGGCTTTGTCATTGGCGTTAAACACAATGCGTGTGCGATCGGGTTGCACCGCAGCATTGCaa > 1:1585846/1‑150 (MQ=255)gCATCGCTTTTCTCCCCTTTTTCATTTTCTATCCAGGAATAAGCAAGATAAGGCAGTTTGTCACTTTGGTTTTCGATACGCAGGCTGGTGGCTTTGTCATTGGCGTTAAACACAATGCGTGTGCGATCGGGTTGCACCGCAGCATTGCaa > 2:155454/1‑150 (MQ=255) tCGCTTTTCTCCCCTTTTTCATTTTCTATCCAGGAATAAGCAAGATAAGGCAGTTTGTCACTTTGGTTTTCGATACGCAGGCTGGTGGCTTTGTCATTGGCGTTAAACACAATGCGTGTGCGATCGGGTTGCACCGCAGCATTGCAAccc > 2:639525/1‑150 (MQ=255) 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ggCGATCGGGTTGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATg < 2:1488942/149‑1 (MQ=255) gcttgggTTGCAATGCTGCGGTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGaat > 1:1514078/5‑150 (MQ=255) aTCGGGTTGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGaata > 1:588145/1‑150 (MQ=255) tgggTTGCAATGCTGCGGTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGaataat > 2:532633/2‑150 (MQ=255) ggTTGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGaata < 1:1477088/146‑1 (MQ=255) ggTTGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGaata > 2:1477088/1‑146 (MQ=255) ttGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAg < 2:884711/150‑1 (MQ=255) ccGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTg < 1:1473133/150‑1 (MQ=255) cGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGc < 1:604388/150‑1 (MQ=255) agcaTTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCa > 1:844706/1‑150 (MQ=255) gcaTTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCAc > 2:423986/1‑150 (MQ=255) ttGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCAcccc > 2:670521/1‑150 (MQ=255) | GCATCGCTTTTCTCCCCTTTTTCATTTTCTATCCAGGAATAAGCAAGATAAGGCAGTTTGTCACTTTGGTTTTCGATACGCAGGCTGGTGGCTTTGTCATTGGCGTTAAACACAATGCGTGTGCGATCGGGTTGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTGCTCACCCC > NC_000913/749508‑749801 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |