| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 770,810 | T→C | 7.1% | intergenic (+199/‑648) | mngB → / → cydA | alpha‑mannosidase/cytochrome bd‑I ubiquinol oxidase subunit I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 770,810 | 0 | T | C | 7.1% | 376.9 / 13.9 | 127 | intergenic (+199/‑648) | mngB/cydA | alpha‑mannosidase/cytochrome bd‑I ubiquinol oxidase subunit I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (63/55); new base C (7/2); total (70/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
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tgtgGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCaaaaaaa > 2:1331655/1‑150 (MQ=255) | CGCTTTGTTCATGCCGGATACGGCATGAACGCTTTATTCGGTCTACAAAAGCAGGCAAATTCAATATATTGCAGAGATGATGTAGACACTGGCAAGCGTAGCGCATCAGGTAATTTTGCGTTTATCTTCACTCTCAAGCCACGTATATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAA > NC_000913/770663‑770959 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |