| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 892,455 | G→C | 6.2% | V163V (GTG→GTC) | rimK → | ribosomal protein S6 modification protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 892,455 | 0 | G | C | 6.2% | 323.3 / 9.1 | 96 | V163V (GTG→GTC) | rimK | ribosomal protein S6 modification protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/49); new base C (3/3); total (44/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.94e-01 | |||||||||||
CTGCCTGTCACGGGCATTGCGCATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGATTTTCGTTCC > NC_000913/892306‑892602 | ctgcctgTCACGGGCATTGCGCATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTg < 1:706288/150‑1 (MQ=255) tgcctgTCACGGGCATTGCGCATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGa > 1:742584/1‑150 (MQ=255) cctgTCACGGGCATTGCGCATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGAtt < 1:321332/150‑1 (MQ=255) tgTCACGGGCATTGCGCATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGa > 2:349839/1‑150 (MQ=255) tgTCACGGGCATTGCGCATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGa > 2:331504/1‑150 (MQ=255) tgTCACGGGCATTGCGCATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGa > 1:638783/1‑150 (MQ=255) gTCACGGGCATTGCGCATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGAc > 1:1484702/1‑150 (MQ=255) tCACGGGCATTGCGCATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACg < 1:436387/150‑1 (MQ=255) gCATTGCGCATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTcc < 2:717243/150‑1 (MQ=255) gCATTGCGCATTCGCCAGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGGCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTcc < 2:1553116/150‑1 (MQ=255) aTTGCGCATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTCAATCACGCTTTCcgc < 1:43181/150‑1 (MQ=255) tGCGCATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCgg > 1:120009/1‑150 (MQ=255) tGCGCATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCgg < 2:17721/150‑1 (MQ=255) gcgcATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGt > 1:1538787/1‑150 (MQ=255) gcgcATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGt > 1:410392/1‑150 (MQ=255) cgcATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTc > 2:1309080/1‑150 (MQ=255) cgcATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTc > 2:1623868/1‑150 (MQ=255) cgcATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGACCGCGGAAAGCGTCAATCACGCTTTCcgccgcc < 1:1575291/150‑5 (MQ=39) 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cGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTGGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACgcgc < 1:1421425/150‑1 (MQ=255) atgatACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCata < 2:722883/150‑1 (MQ=255) atACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTc > 1:852212/1‑150 (MQ=255) tACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCt > 2:362353/1‑150 (MQ=255) tACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCt > 1:253698/1‑150 (MQ=255) 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tgCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAgg > 2:1424367/1‑150 (MQ=255) tgCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAgg > 2:869303/1‑150 (MQ=255) gcgcCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCa < 2:407313/113‑1 (MQ=255) gcgcCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCa > 1:407313/1‑113 (MQ=255) gcgcCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAggg > 2:1626752/1‑150 (MQ=255) cgcTGGTGGTCAAGTTTGTTTAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCTCAAGGGTGCg < 2:893542/150‑1 (MQ=255) cgcTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCg > 1:1477472/1‑150 (MQ=255) cgcTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCg < 2:742584/150‑1 (MQ=255) ggtCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCg < 1:468306/150‑1 (MQ=255) gtCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGTTTCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATTTgcgc < 2:1234915/150‑1 (MQ=255) gtCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGc < 2:253698/150‑1 (MQ=255) 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cTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGGCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGaa < 2:1511876/150‑1 (MQ=255) tGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAAc > 1:495314/1‑150 (MQ=255) ggCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAAcg > 2:1594688/1‑150 (MQ=255) cGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAAcggc > 2:627074/1‑150 (MQ=255) cGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAAcggc > 1:172104/1‑150 (MQ=255) 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gcggcgGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGc < 1:833632/150‑1 (MQ=255) gcggcgGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGc < 1:828011/150‑1 (MQ=255) cgcggAAAGCGTCAATCACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGa > 2:246481/2‑150 (MQ=255) ggAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGAttt < 1:279835/150‑1 (MQ=255) ggAAAGCGTCAATCACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGAttt > 1:1014909/1‑150 (MQ=255) gAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGAtttt < 1:391120/150‑1 (MQ=255) aaGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGATTTTCg < 1:749784/150‑1 (MQ=255) aaGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGATTTTCg < 2:495314/150‑1 (MQ=255) aGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGATTTTCGt < 1:1626752/150‑1 (MQ=255) gCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGATTTTCGtt > 2:852108/1‑150 (MQ=255) cGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGATTTTCGTTc < 1:1419573/150‑1 (MQ=255) cGTGATTGAAGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGATTTTCGTTc > 2:209762/1‑150 (MQ=255) gTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGATTTTCGTTcc < 2:56733/150‑1 (MQ=255) | CTGCCTGTCACGGGCATTGCGCATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGATTTTCGTTCC > NC_000913/892306‑892602 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |