| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 892,459 | G→C | 6.4% | D165H (GAC→CAC) | rimK → | ribosomal protein S6 modification protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 892,459 | 0 | G | C | 6.4% | 312.8 / 9.2 | 94 | D165H (GAC→CAC) | rimK | ribosomal protein S6 modification protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/48); new base C (3/3); total (43/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
TGTCACGGGCATTGCGCATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGATTTTCGTTCCAATTTG > NC_000913/892311‑892608 | tgTCACGGGCATTGCGCATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGa > 2:331504/1‑150 (MQ=255)tgTCACGGGCATTGCGCATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGa > 2:349839/1‑150 (MQ=255)tgTCACGGGCATTGCGCATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGa > 1:638783/1‑150 (MQ=255) gTCACGGGCATTGCGCATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGAc > 1:1484702/1‑150 (MQ=255) tCACGGGCATTGCGCATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACg < 1:436387/150‑1 (MQ=255) gCATTGCGCATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTcc < 2:717243/150‑1 (MQ=255) gCATTGCGCATTCGCCAGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGGCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTcc < 2:1553116/150‑1 (MQ=255) aTTGCGCATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTCAATCACGCTTTCcgc < 1:43181/150‑1 (MQ=255) tGCGCATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCgg < 2:17721/150‑1 (MQ=255) tGCGCATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCgg > 1:120009/1‑150 (MQ=255) gcgcATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGt > 1:410392/1‑150 (MQ=255) gcgcATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGt > 1:1538787/1‑150 (MQ=255) cgcATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTc > 2:1623868/1‑150 (MQ=255) cgcATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTc > 2:1309080/1‑150 (MQ=255) cgcATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGACCGCGGAAAGCGTCAATCACGCTTTCcgccgcc < 1:1575291/150‑5 (MQ=39) aTTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGa < 1:1121126/150‑1 (MQ=255) cGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAAcg < 1:1111096/150‑1 (MQ=255) gCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCGTTCAGACCGCGGAAAGCGTCAATCACGCTTTCCGCCGCCTGacgc < 1:668267/150‑4 (MQ=37) 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tACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCt > 1:253698/1‑150 (MQ=255) tACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCt > 2:362353/1‑150 (MQ=255) tACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCt < 2:1524867/150‑1 (MQ=255) ccAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTgg < 2:819874/150‑1 (MQ=255) cGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCa < 1:1015100/150‑1 (MQ=255) 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cGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAAcggc > 1:172104/1‑150 (MQ=255) cGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAAcggc > 2:627074/1‑150 (MQ=255) tgcgcgttCAGACCGCGGAAAGCGTCAATCACGCTTTCCGCCGCCTG‑ACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACggcgggc > 2:946202/8‑150 (MQ=25) gaCGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACggcgggc < 1:362353/150‑1 (MQ=255) g‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAag < 2:676788/150‑1 (MQ=255) cAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAagag < 2:319354/150‑1 (MQ=255) cAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAagag > 1:348761/1‑150 (MQ=255) gcggcgGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGc < 1:828011/150‑1 (MQ=255) gcggcgGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGc < 1:833632/150‑1 (MQ=255) cgcggAAAGCGTCAATCACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGa > 2:246481/2‑150 (MQ=255) ggAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGAttt < 1:279835/150‑1 (MQ=255) ggAAAGCGTCAATCACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGAttt > 1:1014909/1‑150 (MQ=255) gAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGAtttt < 1:391120/150‑1 (MQ=255) aaGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGATTTTCg < 2:495314/150‑1 (MQ=255) aaGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGATTTTCg < 1:749784/150‑1 (MQ=255) aGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGATTTTCGt < 1:1626752/150‑1 (MQ=255) gCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGATTTTCGtt > 2:852108/1‑150 (MQ=255) cGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGATTTTCGTTc < 1:1419573/150‑1 (MQ=255) cGTGATTGAAGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGATTTTCGTTc > 2:209762/1‑150 (MQ=255) gTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGATTTTCGTTcc < 2:56733/150‑1 (MQ=255) gACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGATTTTCGTTCCAATTTg > 2:1277213/1‑150 (MQ=255) | TGTCACGGGCATTGCGCATTCGCCGGATGATACCAGCGATTTAATCGACATGGTCGGTGGTGCGCCGCTGGTGGTCAAGTTGGTTGAAGGCACGCAGGGAATTGGCGTCGTGCTGGCGGAGACGCG‑TCAGGCGGCGGAAAGCGTGATTGACGCTTTCCGCGGTCTGAACGCGCATATTCTGGTGCAGGAATATATCAAAGAGGCGCAAGGGTGCGATATCCGCTGTCTGGTTGTTGGCGATGAAGTGGTCGCTGCGATTGAACGGCGGGCGAAAGAGGGCGATTTTCGTTCCAATTTG > NC_000913/892311‑892608 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |