| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 968,409 | T→A | 5.0% | L15Q (CTA→CAA) | lpxK → | tetraacyldisaccharide 4'‑kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 968,409 | 0 | T | A | 5.0% | 260.6 / 2.8 | 79 | L15Q (CTA→CAA) | lpxK | tetraacyldisaccharide 4'‑kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/35); new base A (2/2); total (42/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
TCGTGGTCGTCGAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCG > NC_000913/968263‑968558 | tCGTGGTCGTCGAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGCTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTAtt > 2:491190/1‑150 (MQ=255) cGTGGTCGTCGAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATtg > 2:249129/1‑150 (MQ=255) gtcgtcGAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATtgctgc < 1:729082/150‑1 (MQ=255) tcgtcgAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGcc < 1:744364/150‑1 (MQ=255) cgtcgAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCa > 1:1574507/1‑150 (MQ=255) gtcgAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCAc < 1:1591751/150‑1 (MQ=255) gtcgAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCAc > 2:950363/1‑150 (MQ=255) cgAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCActc > 2:509346/1‑150 (MQ=255) cgAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCAGCAATAGCCGCCAcaa < 1:1611303/150‑3 (MQ=255) ggATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTcc < 1:1499701/150‑1 (MQ=255) gATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCt < 1:139063/150‑1 (MQ=255) aTGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACTCATAACGATTTGCTTGAGCTCCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCAGCAATAGCCGCCAcaaagggg < 2:1365835/150‑8 (MQ=255) ggTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGt > 2:1181922/1‑150 (MQ=255) gtgtCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGtt > 1:359026/1‑150 (MQ=255) tgtCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTg < 2:967107/150‑1 (MQ=255) cATTGTGGCACGCGGTACGCATAACGATTTGCTGGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTGTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTAt < 2:1262869/150‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTAt < 1:1020642/150‑1 (MQ=255) cATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTAt > 2:1600834/1‑150 (MQ=255) 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tACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGgc > 1:936363/1‑150 (MQ=255) aTAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGAt > 1:903492/1‑150 (MQ=255) tAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTTCGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAAGGCTCGAAAAAATCTCGTCTCGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTGGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATc < 2:919997/150‑1 (MQ=255) aCGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCg > 2:484902/1‑150 (MQ=255) ttGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCttt < 1:626077/150‑1 (MQ=255) gCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGc > 2:680201/1‑150 (MQ=255) gCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGc > 1:219731/1‑150 (MQ=255) tGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCtat > 2:546370/1‑150 (MQ=255) aGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATaa < 1:1244826/150‑1 (MQ=255) aGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATaa > 1:605974/1‑150 (MQ=255) ccGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTa > 1:1336293/1‑150 (MQ=255) gTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCtt > 2:1370648/1‑131 (MQ=255) gTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCtt < 1:1370648/131‑1 (MQ=255) ttACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAg < 2:1630357/150‑1 (MQ=255) aCGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAgcg > 1:26820/1‑150 (MQ=255) cgcAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAgcgcgc 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tggtctggtGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCAcc > 1:1574629/1‑150 (MQ=255) ggtctggtGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCg < 1:249129/150‑1 (MQ=255) gtctggtGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGc > 2:866700/1‑150 (MQ=255) ctggtGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAg > 1:655370/1‑150 (MQ=255) tggtGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAgg > 1:442896/1‑150 (MQ=255) 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tATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCg < 1:491190/150‑1 (MQ=255) | TCGTGGTCGTCGAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCG > NC_000913/968263‑968558 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |