| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 99,898 | T→C | 6.9% | R85R (CGT→CGC) | murG → | N‑acetylglucosaminyl transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 99,898 | 0 | T | C | 6.9% | 257.2 / 7.7 | 89 | R85R (CGT→CGC) | murG | N‑acetylglucosaminyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/42); new base C (3/3); total (43/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
GTTCGCTGGCTGGGGACTGCCGACCGTATGGAAGCGGACTTAGTGCCAAAACATGGCATCGAAATTGATTTCATTCGTATCTCTGGTCTGCGTGGAAAAGGTATAAAAGCACTGATAGCTGCCCCGCTGCGTATCTTCAACGCCTGGCGTCAGGCGCGGGCGATTATGAAAGCGTACAAACCTGACGTGGTGCTCGGTATGGGAGGCTACGTGTCAGGTCCAGGTGGTCTGGCCGCGTGGTCGTTAGGCATTCCGGTTGTACTTCATGAACAAAACGGTATTGCGGGCTTAACCA > NC_000913/99749‑100043 | gTTCGCTGGCTGGGGACTGCCGACCGTATGGAAGCGGACTTAGTGCCAAAACATGGCATCGAAATTGATTTCATTCGTATCTCTGGTCTGCGTGGAAAAGGTATAAAAGCACTGATAGCTGCCCCGCGGCGTATCTTCAACGCCTGGCGt > 2:1023384/1‑150 (MQ=255) gctggctgGGGACTGCCGACCGTATGGAAGCGGACTTAGTGCCAAAACATGGCATCGAAATTGATTTCATTCGTATCTCTGGTCTGCGTGGAAAAGGTATAAAAGCACTGATAGCTGCCCCGCTGCGTATCTTCAACGCCTGGCGTCAgg < 1:32344/150‑1 (MQ=255) gctggGGACTGCCGACCGTATGGAAGCGGACTTAGTGCCAAAACATGGCATCGAAATTGATTTCATTCGTATCTCTGGTCTGCGTGGAAAAGGTATAAAAGCACTGATAGCTGCCCCGCTGCGTATCTTCAACGCCTGACGCCAGgcgtt < 2:850225/150‑3 (MQ=255) 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2:1352702/119‑1 (MQ=255) gcccgcGCCTGACGCCAGGCGCGGGCGATTATGAAAGCGTACAAACCTGACGTGGTGCTCGGTATGGGAGGCTACGTGTCAGGTCCAGGTGGTCTGGCCGCGTGGTCGTTAGGCATTCCGGTTGTACTTCATGAACAAAACGGTATTGCg > 1:876014/6‑150 (MQ=255) tCAACGCCTGGCGTCAGGCGCGGGCGATTATGAAAGCGTACAAACCTGACGTGGTGCTCGGTATGGGAGGCTACGTGTCAGGTCCAGGTGGTCTGGCCGCGTGGTCGTTAGGCATTCCGGTTGTACTTCATGAACAAAACGGTATTGCgg < 2:1413379/150‑1 (MQ=255) cccgcGCCTGACGCCAGGCGCGGGCGATTATGAAAGCGTACAAACCTGACGTGGTGCTCGGTATGGGAGGCTACGTGTCAGGTCCAGGTGGTCTGGCCGCGTGGTCGTTAGGCATTCCGGTTGTACTTCATGAACAAAACGGTATTGCgg > 2:350895/5‑150 (MQ=255) cTGGCGTCAGGCGCGGGCGATTATGAAAGCGTACAAACCTGACGTGGTGCTCGGTATGGGAGGCTACGTGTCAGGTCCAGGTGGTCTGGCCGCGTGGTCGTTAGGCATTCCGGTTGTACTTCATGAACAAAACGGTATTGCGGGCTTAAc < 2:1311936/150‑1 (MQ=255) tGGCGTCAGGCGCGGGCGATTATGAAAGCGTACAAACCTGACGTGGTGCTCGGTATGGGAGGCTACGTGTCAGGTCCAGGTGGTCTGGCCGCGTGGTCGTTAGGCATTCCGGTTGTACTTCATGAACAAAACGGTATTGCGGGCTTAAcc < 2:412462/150‑1 (MQ=255) ggCGTCAGGCGCGGGCGATTATGAAAGCGTACAAACCTGACGTGGTGCTCGGTATGGGAGGCTACGTGTCAGGTCCAGGTGGTCTGGCCGCGTGGTCGTTAGGCATTCCGGTTGTACTTCATGAACAAAACGGTATTGCGGGCTTAACCa > 1:312526/1‑150 (MQ=255) | GTTCGCTGGCTGGGGACTGCCGACCGTATGGAAGCGGACTTAGTGCCAAAACATGGCATCGAAATTGATTTCATTCGTATCTCTGGTCTGCGTGGAAAAGGTATAAAAGCACTGATAGCTGCCCCGCTGCGTATCTTCAACGCCTGGCGTCAGGCGCGGGCGATTATGAAAGCGTACAAACCTGACGTGGTGCTCGGTATGGGAGGCTACGTGTCAGGTCCAGGTGGTCTGGCCGCGTGGTCGTTAGGCATTCCGGTTGTACTTCATGAACAAAACGGTATTGCGGGCTTAACCA > NC_000913/99749‑100043 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |