| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,138,423 | C→T | 6.1% | Q16* (CAG→TAG) ‡ | flgK → | flagellar hook‑filament junction protein 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,138,423 | 0 | C | T | 6.1% | 308.9 / 5.5 | 98 | Q16* (CAG→TAG) ‡ | flgK | flagellar hook‑filament junction protein 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/41); new base T (2/4); total (53/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 | |||||||||||
AAAACCTACAGTATGAACATTGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAATGGTGTCTACGTTTCTGGTGTGCAG > NC_000913/1138277‑1138569 | aaaaCCTACAGAATGAACAATGATAATCTGTTCTGAATAACACAAGACAGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTTTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAgg > 2:1064642/1‑150 (MQ=255) aCCTACAGTATGAACATTGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAggcgg > 1:85153/1‑150 (MQ=255) aCCTACAGTATGAACATTGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAggcgg < 2:253793/150‑1 (MQ=255) aCCTACAGTATGAACATTGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAggcgg > 1:1375084/1‑150 (MQ=255) tACAGTATGAACATTGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGt < 2:1068898/150‑1 (MQ=255) tACAGTATGAACATTGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGt < 2:1322362/150‑1 (MQ=255) cAGTATGAACATTGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAAGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCCGCCTGGGCCGCGttc < 1:1142861/150‑2 (MQ=255) gTATGAACATTGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCCGCCTGGGCCGCGttcag < 2:854349/150‑4 (MQ=255) tATGAACATTGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAAt > 2:334521/1‑150 (MQ=255) aTGAACATTGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCCGCCTGGGCCGCGttcagtc < 1:1090958/150‑6 (MQ=255) tGAACATTGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCCGCCTGGGCCGCGttcagtcc < 2:1094947/150‑7 (MQ=255) gAACATCGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACg > 2:1463269/1‑150 (MQ=255) aaCATTGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACgg < 2:1290428/150‑1 (MQ=255) 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aaCGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAAt > 1:129191/1‑150 (MQ=255) cGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAATgg < 1:977701/150‑1 (MQ=255) tGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAATGGTGTCt > 1:32380/1‑150 (MQ=255) aGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAATGGTGTCTAc < 2:781313/150‑1 (MQ=255) gCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAATGGTGTCTACg < 2:817902/150‑1 (MQ=255) gtatttaaCGCCGCCTGGGCCGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATACCGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAATGGTGTCTACGtt > 2:1066385/7‑150 (MQ=255) gtatttaaCGCCGCCTGGGCCGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAATGGTGTCTACGtt > 2:87570/7‑150 (MQ=255) tGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAATGGTGTCTACGTTTCTg > 1:560907/1‑150 (MQ=255) gAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAATGGTGTCTACGTTTCTgg > 2:211216/1‑150 (MQ=255) gAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAATGGTGTCTACGTTTCTgg > 1:783363/1‑150 (MQ=255) gAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATAGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAATGGTGTCTACGTTTCTgg < 1:311217/150‑1 (MQ=255) aaCGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAATGGTGTCTACGTTTCTGgt < 1:1428811/150‑1 (MQ=255) cgcgGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAATGGTGTCTACGTTTCTGgtgt > 1:1241326/1‑150 (MQ=255) gcgGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAATGGTGTCTACGTTTCTGGtgtg < 1:181209/150‑1 (MQ=255) gCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAATGGTGTCTACGTTTCTGGTGTGCAg > 2:346400/1‑150 (MQ=255) | AAAACCTACAGTATGAACATTGATAATCTGTTCTGAATAACTCAAGTCCGGCGGGTCGCTGCCGATAATACTCTGTAATTGAAGGCTTATAAGGAACCTCCATGTCCAGCTTGATTAATAACGCCATGAGCGGACTGAACGCGGCCCAGGCGGCGTTAAATACGGCAAGTAATAATATCTCCAGCTATAACGTTGCCGGATATACCCGCCAAACCACTATTATGGCGCAGGCCAATAGCACGTTGGGCGCTGGCGGCTGGGTTGGCAATGGTGTCTACGTTTCTGGTGTGCAG > NC_000913/1138277‑1138569 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |