| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 120,999 | T→C | 5.5% | T185A (ACC→GCC) | aroP ← | aromatic amino acid:H(+) symporter AroP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 120,999 | 0 | T | C | 5.5% | 273.5 / 4.4 | 90 | T185A (ACC→GCC) | aroP | aromatic amino acid:H(+) symporter AroP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/47); new base C (3/2); total (41/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.02e-01 | |||||||||||
CTTTGCTCCGGGTTATCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACTTTAACGTTGGTCAGGTTGATGGCGTTAATCACCACA > NC_000913/120854‑121147 | cTTTGCTCCGGGTTATCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGcc < 1:904539/150‑1 (MQ=255) cTCCGGGTTATCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCgg < 2:904922/150‑1 (MQ=255) ccGGGTTATCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCGCAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGgc > 1:309359/1‑150 (MQ=255) ccGGGTTATCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGgc < 1:876853/150‑1 (MQ=255) ccGGGTTATCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCAACAGTTCCAGACCACCTAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGgc < 1:1509821/150‑1 (MQ=255) gTTATCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGgccgcc < 2:1107590/150‑1 (MQ=255) aTCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAACCCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGtt > 2:1616082/1‑150 (MQ=255) aTCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGCGGCCCGCAGGCGACCGtt < 1:1273877/150‑1 (MQ=255) tCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTg > 1:308987/1‑150 (MQ=255) cAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGc < 2:1099238/150‑1 (MQ=255) aGCTTCTGCTGCGGTGCTCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGcc > 2:415771/1‑150 (MQ=255) aGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCGAGACAACCGAACGATAACATGATAATCGCCATCATCATGACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCTCCGTTGcc < 2:27094/150‑1 (MQ=255) gCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCa > 1:1037135/1‑150 (MQ=255) gCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGCGGCCCGCAGGCGACCGttagca < 1:413466/150‑5 (MQ=255) gttCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCAc < 2:1485918/149‑1 (MQ=255) ttCTGCTGCGGTGATCCCCACAAGTTCCAGACCACCGAACGAAAACATGATAATCCCCATCATAATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCACGAAACCAACCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCCTTGCCACt > 2:692830/1‑150 (MQ=255) tgctgcGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGaa < 1:1167133/150‑1 (MQ=255) gctgcGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAAt > 1:463579/1‑150 (MQ=255) 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tCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAgatg < 1:1269235/150‑1 (MQ=255) gACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGatca > 2:843079/1‑150 (MQ=255) gACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGatca > 1:554581/1‑150 (MQ=255) accGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGc < 1:338913/150‑1 (MQ=255) aaCGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTacc > 2:1277252/1‑150 (MQ=255) 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aTCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCCGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTg > 2:504417/1‑150 (MQ=255) aTCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTg < 2:1304401/150‑1 (MQ=255) acggcttcaCCGGGCTGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATgg > 1:381524/7‑150 (MQ=255) catcatcaCCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGc < 1:1049973/150‑1 (MQ=255) catcaCCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGc < 2:1056270/147‑1 (MQ=255) 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agtggcaaCGGCGGCCCGCAGGCGACCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACGTTAACGTTGGTGAGGTTGATGGCGtt > 2:220925/7‑150 (MQ=255) gtggcaaCGGCGGCCCGCAGGCGACCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACTTTAACGTTGGTCAGGTTGATGGCGTTa > 1:279596/6‑150 (MQ=255) tGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACTTTAACGTTGGTCAGGTTGATGGCGTTaa > 1:396625/1‑150 (MQ=255) ggcaaCGGCGGCCCGCAGGCGACCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACTTTAACGTTGGTCAGGTTGATGGCGTGAAt > 2:546443/4‑150 (MQ=255) cGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACTTTAACGTTGGTCAGGTTGATGGCGTTAATcacca > 1:1241912/1‑150 (MQ=255) gTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACTTTAACGTTGGTCAGGTTGATGGCGTTAATCACcaca > 1:281325/1‑150 (MQ=255) | CTTTGCTCCGGGTTATCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACTTTAACGTTGGTCAGGTTGATGGCGTTAATCACCACA > NC_000913/120854‑121147 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |