| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 121,004 | T→C | 5.5% | Q183R (CAG→CGG) | aroP ← | aromatic amino acid:H(+) symporter AroP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 121,004 | 0 | T | C | 5.5% | 282.5 / 4.8 | 91 | Q183R (CAG→CGG) | aroP | aromatic amino acid:H(+) symporter AroP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/47); new base C (3/2); total (42/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
CTCCGGGTTATCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACTTTAACGTTGGTCAGGTTGATGGCGTTAATCACCACAAAGAAT > NC_000913/120859‑121153 | cTCCGGGTTATCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCgg < 2:904922/150‑1 (MQ=255) ccGGGTTATCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCGCAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGgc > 1:309359/1‑150 (MQ=255) ccGGGTTATCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGgc < 1:876853/150‑1 (MQ=255) ccGGGTTATCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCAACAGTTCCAGACCACCTAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGgc < 1:1509821/150‑1 (MQ=255) gTTATCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGgccgcc < 2:1107590/150‑1 (MQ=255) aTCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAACCCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGtt > 2:1616082/1‑150 (MQ=255) aTCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGCGGCCCGCAGGCGACCGtt < 1:1273877/150‑1 (MQ=255) tCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTg > 1:308987/1‑150 (MQ=255) cAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGc < 2:1099238/150‑1 (MQ=255) aGCTTCTGCTGCGGTGCTCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGcc > 2:415771/1‑150 (MQ=255) aGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCGAGACAACCGAACGATAACATGATAATCGCCATCATCATGACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCTCCGTTGcc < 2:27094/150‑1 (MQ=255) gCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCa > 1:1037135/1‑150 (MQ=255) gCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGCGGCCCGCAGGCGACCGttagca < 1:413466/150‑5 (MQ=255) gttCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCAc < 2:1485918/149‑1 (MQ=255) ttCTGCTGCGGTGATCCCCACAAGTTCCAGACCACCGAACGAAAACATGATAATCCCCATCATAATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCACGAAACCAACCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCCTTGCCACt > 2:692830/1‑150 (MQ=255) tgctgcGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGaa < 1:1167133/150‑1 (MQ=255) gctgcGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAAt > 1:463579/1‑150 (MQ=255) ctgcGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATa < 2:525121/150‑1 (MQ=255) 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tCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGcagccagc < 2:970339/150‑1 (MQ=255) ccaccaGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAgccgc > 1:1390456/1‑150 (MQ=255) gTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAga < 2:308987/150‑1 (MQ=255) ttCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAgat < 2:613744/150‑1 (MQ=255) tCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAgatg < 1:1269235/150‑1 (MQ=255) gACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGatca > 1:554581/1‑150 (MQ=255) gACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGatca > 2:843079/1‑150 (MQ=255) accGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGc < 1:338913/150‑1 (MQ=255) aaCGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTacc > 2:1277252/1‑150 (MQ=255) aaCGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTacc < 2:653690/150‑1 (MQ=255) 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aTCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTg < 2:1304401/150‑1 (MQ=255) acggcttcaCCGGGCTGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATgg > 1:381524/7‑150 (MQ=255) catcatcaCCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGc < 1:1049973/150‑1 (MQ=255) catcaCCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGc < 2:1056270/147‑1 (MQ=255) catcaCCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGc > 1:1056270/1‑147 (MQ=255) 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2:1003873/150‑1 (MQ=255) ccAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGTCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGa < 1:415771/150‑1 (MQ=255) ccAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGa > 2:856181/1‑150 (MQ=255) aGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAAc > 2:1099090/1‑150 (MQ=255) gCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACt > 1:1411456/1‑150 (MQ=255) gCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACt > 2:206266/1‑150 (MQ=255) 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cGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACTTTAACGTTGGTCAGGTTGATGGCGTTAATCACCACaaa < 2:1411456/150‑1 (MQ=255) ccTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACTTTAACGTTGGTCAGGTTGATGGCGTTAATCACCACAAAGa > 1:200111/1‑150 (MQ=255) tGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACTTTAACGTTGGTCAGGTTGATGGCGTTAATCACCACAAAGAAt > 1:1574759/1‑150 (MQ=255) | CTCCGGGTTATCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACTTTAACGTTGGTCAGGTTGATGGCGTTAATCACCACAAAGAAT > NC_000913/120859‑121153 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |