| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 121,011 | C→G | 5.6% | G181R (GGC→CGC) | aroP ← | aromatic amino acid:H(+) symporter AroP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 121,011 | 0 | C | G | 5.6% | 301.5 / 6.6 | 89 | G181R (GGC→CGC) | aroP | aromatic amino acid:H(+) symporter AroP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/44); new base G (3/2); total (43/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 | |||||||||||
GTTATCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACTTTAACGTTGGTCAGGTTGATGGCGTTAATCACCACAAAGAATA > NC_000913/120865‑121154 | gTTATCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGgccgcc < 2:1107590/150‑1 (MQ=255) aTCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAACCCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGtt > 2:1616082/1‑150 (MQ=255) aTCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGCGGCCCGCAGGCGACCGtt < 1:1273877/150‑1 (MQ=255) tCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTg > 1:308987/1‑150 (MQ=255) cAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGc < 2:1099238/150‑1 (MQ=255) aGCTTCTGCTGCGGTGCTCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGcc > 2:415771/1‑150 (MQ=255) aGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCGAGACAACCGAACGATAACATGATAATCGCCATCATCATGACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCTCCGTTGcc < 2:27094/150‑1 (MQ=255) gCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCa > 1:1037135/1‑150 (MQ=255) gCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGCGGCCCGCAGGCGACCGttagca < 1:413466/150‑5 (MQ=255) gttCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCAc < 2:1485918/149‑1 (MQ=255) ttCTGCTGCGGTGATCCCCACAAGTTCCAGACCACCGAACGAAAACATGATAATCCCCATCATAATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCACGAAACCAACCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCCTTGCCACt > 2:692830/1‑150 (MQ=255) tgctgcGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGaa < 1:1167133/150‑1 (MQ=255) gctgcGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAAt > 1:463579/1‑150 (MQ=255) ctgcGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATa < 2:525121/150‑1 (MQ=255) gcGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATagc > 2:1544028/1‑150 (MQ=255) ggTGATCCGCACCAGTTCGAGACCACCGAAGGAGAAGATGATAATCGCCATCATCATCACCAGGCCGGGGAAGCCGTGCGGCAGTAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATagcag < 2:787721/150‑1 (MQ=255) tGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGcagcc > 2:681481/1‑150 (MQ=255) gATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGcagcca > 1:1116322/1‑150 (MQ=255) 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tCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAgatg < 1:1269235/150‑1 (MQ=255) gACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGatca > 1:554581/1‑150 (MQ=255) gACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGatca > 2:843079/1‑150 (MQ=255) accGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGc < 1:338913/150‑1 (MQ=255) aaCGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTacc > 2:1277252/1‑150 (MQ=255) aaCGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTacc < 2:653690/150‑1 (MQ=255) aaCATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACcgcg < 1:566340/150‑1 (MQ=255) aCATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGa > 1:1522449/1‑150 (MQ=255) aTAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCCTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCACACACGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGGTAACt > 2:1151750/1‑150 (MQ=255) aaTCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACttt > 1:1003873/1‑150 (MQ=255) 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catcaCCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGc < 2:1056270/147‑1 (MQ=255) catcaCCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCaaa < 1:1221474/150‑1 (MQ=255) tcaCCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAAcc < 2:1055958/150‑1 (MQ=255) aCCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACcg < 1:526286/124‑1 (MQ=255) aCCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACcg > 2:526286/1‑124 (MQ=255) aCCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAg > 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agtggcaaCGGCGGCCCGCAGGCGACCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACGTTAACGTTGGTGAGGTTGATGGCGtt > 2:220925/7‑150 (MQ=255) gtggcaaCGGCGGCCCGCAGGCGACCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACTTTAACGTTGGTCAGGTTGATGGCGTTa > 1:279596/6‑150 (MQ=255) tGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACTTTAACGTTGGTCAGGTTGATGGCGTTaa > 1:396625/1‑150 (MQ=255) ggcaaCGGCGGCCCGCAGGCGACCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACTTTAACGTTGGTCAGGTTGATGGCGTGAAt > 2:546443/4‑150 (MQ=255) cGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACTTTAACGTTGGTCAGGTTGATGGCGTTAATcacca > 1:1241912/1‑150 (MQ=255) gTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACTTTAACGTTGGTCAGGTTGATGGCGTTAATCACcaca > 1:281325/1‑150 (MQ=255) cGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACTTTAACGTTGGTCAGGTTGATGGCGTTAATCACCACaaa < 2:1411456/150‑1 (MQ=255) ccTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACTTTAACGTTGGTCAGGTTGATGGCGTTAATCACCACAAAGa > 1:200111/1‑150 (MQ=255) tGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACTTTAACGTTGGTCAGGTTGATGGCGTTAATCACCACAAAGAAt > 1:1574759/1‑150 (MQ=255) gCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGGTAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACTTTAACGTTGGTCAGGTTGATGGCGTTAATCACCACAAAGAATa < 1:1151750/150‑1 (MQ=255) gCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACTTTAACGTTGGTCAGGTTGATGGCGTTAATCACCACAAAGAATa > 2:300732/1‑150 (MQ=255) | GTTATCAGCTTCTGCTGCGGTGATCCCCACCAGTTCCAGACCACCGAACGAGAACATGATAATCGCCATCATCATCACCAGCCCGGTGAAGCCGTGCGGCAGGAAACCACCCTGATCCCACAGGTTGCTAACGGTCGCCTGCGGGCCGCCGTTGCCACTGAATAGCAGCCAGCCGCCGAAGATGATCATCGCTACCACCGCGATAACTTTGATAATGGCAAACCAGAACTCCATCTCGCCAAACACTTTAACGTTGGTCAGGTTGATGGCGTTAATCACCACAAAGAATA > NC_000913/120865‑121154 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |