| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,208,927 | A→T | 9.2% | S65T (TCT→ACT) ‡ | tfaE ← | e14 prophage; putative tail fiber assembly protein TfaE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,208,927 | 0 | A | T | 9.2% | 257.5 / 12.9 | 87 | S65T (TCT→ACT) ‡ | tfaE | e14 prophage; putative tail fiber assembly protein TfaE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/42); new base T (2/6); total (39/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
GTATGGAGATAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGCCGACACCAACGGCAAGATATTCATTTGAAGTGGAAATATATTCCCGTGTTTCACCATCGTAGTTATAAACGGTAACATCCCC > NC_000913/1208784‑1209074 | gTATGGAGATAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCa > 2:283065/1‑150 (MQ=255) tATGGAGATAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAg < 2:1193960/150‑1 (MQ=255) tGGAGATAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGAt > 1:1179728/1‑150 (MQ=255) agaTAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCCGTTCTGCAGAtttt < 2:193873/150‑3 (MQ=255) agaTAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCCGTTCTGCAGAtttt < 1:967339/150‑3 (MQ=255) gaTAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCCGTTCTGCAGAtttta < 1:231515/150‑4 (MQ=255) gaTAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCa < 2:629703/150‑1 (MQ=255) aTAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCATGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCAt < 1:1230191/150‑1 (MQ=255) aTAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCCGTTCTGCAGAttttaa < 2:168703/150‑5 (MQ=255) aTAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCAt < 2:1066287/150‑1 (MQ=255) tAAAGGGGCGTTAGTGGTTGTATTTTCATGGTAATCTCCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCCGTTCTGCAGAttttaac < 2:520145/150‑6 (MQ=255) tAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCCGTTCTGCAGAttttaac < 1:1260856/150‑6 (MQ=255) tAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATa < 1:405262/150‑1 (MQ=255) aGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAAcc > 1:255854/1‑150 (MQ=255) aGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAAcc > 1:628812/1‑150 (MQ=255) gCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATGACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGcc < 2:807233/150‑1 (MQ=255) gATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCtt > 1:983035/1‑150 (MQ=255) aTAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTa < 2:226626/150‑1 (MQ=255) 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tCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTa > 2:50161/1‑141 (MQ=255) tCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCa < 1:180658/150‑1 (MQ=255) cAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCAt > 2:875443/1‑150 (MQ=255) gggTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCt > 2:494620/1‑150 (MQ=255) gggTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCt > 2:791039/1‑150 (MQ=255) 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aaaaTCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGCCGACACCAACGGCAAGATATTCATTTGAAGTGGAAATATATTCCCGTGTTTCACCATCGTAGTTATAAACGGt > 1:173637/1‑150 (MQ=255) aaaaTCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGCCGACACCAACGGCAAGATATTCATTTGAAGTGGAAATATATTCCCGTGTTTCACCATCGTAGTTATAAACGGt < 2:351553/150‑1 (MQ=255) aaaTCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGCCGACACCAACGGCAAGATATTCATTTGAAGTGGAAATATATTCCCGTGTTTCACCATCGTAGTTATAAACGGTa < 2:1376785/150‑1 (MQ=255) aTCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGCCGACACCAACGGCAAGATATTCATTTGAAGTGGAAATATATTCCCGTGTTTCACCATCGTAGTTATAAACGGTAAc > 1:842887/1‑150 (MQ=255) tCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGCCGACACCAACGGCAAGATATTCATTTGAAGTGGAAATATATTCCCGTGTTTCACCATCGTAGTTATAAACGGTAACa < 2:74017/150‑1 (MQ=255) aGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGCCGACACCAACGGCAAGATATTCATTTGAAGTGGAAATATATTCCCGTGTTTCACCATCGTAGTTATAAACGGTAACATcccc < 2:628812/150‑1 (MQ=255) | GTATGGAGATAAAGGGGCGATAGTGGTTGTATTTTCAGGGTAATCACCCGGAGCTTTGATTTCTTTTGATTCTCCAGTTTTGGTGCTATAGACCGTTTCACCGCGATGGTCTGGCACATATTCCCATGAGTTAAAATCTGCAGAACGGCAGATTGCATAACCAGCCTTATGTGTACCAGGGGCATCTAAACAGGAACATGCCGGAATGCCGACACCAACGGCAAGATATTCATTTGAAGTGGAAATATATTCCCGTGTTTCACCATCGTAGTTATAAACGGTAACATCCCC > NC_000913/1208784‑1209074 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |